一、医疗事故技术鉴定即常讲的“事故”鉴定从性质上讲属于行政鉴定；司法鉴定所做出的“过错”鉴定主要审查其是否有“过错”，直接为诉讼服务，是一种诉讼活动。
二、“事故”鉴定的目的主要是为卫生行政部门处理医疗事故提供事实依据；“过错”鉴定是为医疗事故民事诉讼提供依据。
三、从两者内容看：“事故”鉴定主要审查诊疗行为是否具有违法性，“过错”鉴定则是从民事过错归责出发，认定院方在诊疗过程中有无过错、过错与损害后果之间有无直接因果关系、有时还会对过错的参与度做出界定，直接为民事诉讼服务，医疗纠纷诉讼中，法官直接依照过错鉴定的结论确定责任，特别是有参与度比例的鉴定结论，直接就可依照损害赔偿标准计算赔偿责任，有点儿象老交法施行时的交通事故责任认定书，照搬即可。
四、鉴定的启动不同：“事故”鉴定的启动权在于卫生行政部门和争议双方当事人，“过错”鉴定的启动权在于法院和双方当事人，或律师事务所委托。
五、主体不同：“事故”鉴定由医学会组织医疗事故技术鉴定专家组进行；“过错”鉴定由依法成立的司法鉴定所进行。
六、责任方式不同：“事故”鉴定由医学会的名义出具鉴定书，专家不署名，责任不道人，有点集体负责制但谁也不负责的意味、；“过错”鉴定实行鉴定人负责制，鉴定人要在结论上签名或盖章，如有不同意见要注明。
七、证据要求不同：“事故”鉴定中关于证据的保全、固定和保存制度较为宽松，实践中时有涂改、毁损、遗失情况；“过错”鉴定大多在诉讼环节，相对严谨的多。
八、角度不同：“事故”鉴定虽不在主体甚至不能直接叫做“老子”审“儿子”的鉴定了，但审查时仍侧重于对其违法性的审查，首先看其有无明显违反医疗卫生管理法律法规、诊疗护理规范，有点上对下的“纵向”审查；“过错”鉴定是从民事过错侵权归责原则出发，可理解为更多是“横向”审查。 九、范围不同：“事故”仅为卫生行政部门处理医疗事故提供依据，而司法鉴定（不单只“过错”鉴定）可为民事赔偿、及涉嫌非法行医、医疗事故罪的刑事诉讼提供依据，范围要广。 十、诉讼中的效力不同：在民事诉讼实践中，人民法院可以采信医疗事故技术鉴定结论，将其作为证据，也可以否定这种鉴定结论而重新进行司法鉴定，并以此为基础做出判决。 十大主要区别应该可以很容易看出“事故”鉴定和“过错”鉴定孰优孰劣。如果想得到一个客观、公正的纠纷处理结果，就应尽可能地跳出对方的影响范围，向其“老子”告状，“老子”未必不护短。业内人士有的比喻《条例》是部恶法，国务院的第351号令在制度设置上比老的《办法》有很大进步。可我们的国情就是这样：有些不合理的现象是经本身不好，还是和尚的嘴把它唱歪了？
