医疗事故技术鉴定制度自1987年确立，到2002年国务院颁布《医疗事故处理条例》，在15年颇受争议的过程中，形成了设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市地方医学会、中华医学会负责组织鉴定的基本体系。
一体系，在2005年全国人常委会《关于司法鉴定管理问题决定》实施时，尽管受到冲击，但并未受太大影响。在侵权责任法实施之际，却面临存亡抉择。
据法制日报社主办的《法治周末》报道，中央财经大学法学院副教授郭华说，其实医疗事故技术鉴定制度建立依据早就与立法法发生冲突。主要是，《医疗事故处理条例》规定了医疗事故的民事赔偿与涉及诉讼的鉴定问题。而根据立法法规定，民事法律基本制度与诉讼制度只能由法律规定，有关医疗事故技术鉴定部分内容属诉讼制度。
实践中，诉讼活动在医疗纠纷上的“案由”，侵权赔偿额的确定，以及绕过医疗事故技术鉴定而委托司法鉴定，其依据均违反上位法，导致与其他法律不协调，可以说，这一体制一直在“带病”运行。
医疗事故技术鉴定制度命运如何，涉及医疗纠纷的部门之间仍争议不断，学者之间也存在不同观点。
郭华解释说，卫生行政部门认《医疗事故处理条例》在处理医疗事故纠纷中具有便捷性，作为处理依据应当保留。医疗事故技术鉴定制度形成了相对完整的鉴定组织与体系。如废止《医疗事故处理条例》，这年形成的组织必然解散，15年的“经验”也就寿终正寝，卫生行政部门在处理这类纠纷时经由何种组织，令人忧虑。
对法院来说，因各地情况不同和医疗纠纷处理的难度，保留《医疗事故处理条例》，可存在多元化选择余地。
司法行政部门作为司法鉴定管理机关，因医疗事故技术鉴定存在问题，特别是医学会鉴定的“兄弟姐妹”相互鉴定，给司法鉴定管理带来一定困难，其认为，涉及卫生行政管理的事项而不作为诉讼活动证据的，可由卫生行政部门组织鉴定，涉及诉讼的鉴定应按《关于司法鉴定管理问题的决定》执行。
郭华透露，在医疗纠纷鉴定中，司法鉴定相对于医学会的医疗事故技术鉴定，确实存在专业上有一定差距等问题。
因此，有学者认为，根据侵权责任法规定，诊疗活动中只要医院存在过错，医疗机构就得承担赔偿责任。医疗鉴定委员会鉴定是否构成医疗事故的提将失去必要性，在医疗侵权纠纷中依据上位法选择适用侵权责任法，条例将随之作废，备受争议的医疗鉴定委员会也将逐渐淡出历史舞台。
但也有学者不同意此观点，他们认为，《医疗事故处理条例》是行政法规，应以处理医疗事故责任人员为主，而不应以此作为处理民事纠纷的依据。侵权责任法实施后，医疗事故技术鉴定和行政处罚功能应继续保留，但医疗纠纷的司法鉴定和民事赔偿不继续适用《医疗事故处理条例》。
