二者鉴定的核心是一致的，都是围绕医疗机构及其医务人员在医疗活动中是否存在过错以及该过错与人身损害后果之间是否存在因果关系、责任程度进行的鉴定。
1．从鉴定的启动次序上看，医疗事故技术鉴定要先于医疗过错司法鉴定，只有经医疗事故技术鉴定不构成医疗事故的才可以进行医疗过错司法鉴定。
2．从鉴定的委托形式上看，首次医疗事故技术鉴定只能委托当地设区的市级医学会，再次鉴定只能委托所属省的省级医学会；必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。医疗事故技术鉴定具有明显的地域性及层级性。而医疗过错司法鉴定不受地域范围的限制，各鉴定机构之间也没有隶属关系。
3．从鉴定程序上看，医疗事故技术鉴定时，医学会应当根据医疗事故争议所涉及的学科专业，确定专家鉴定组的构成和人数。专家鉴定组进行医疗事故技术鉴定，实行合议制。而司法鉴定是由鉴定机构指定或者选择二名司法鉴定人共同进行鉴定；司法鉴定机构在进行鉴定的过程中，遇有特别复杂、疑难、特殊技术问题的，可以向本机构以外的相关专业领域的专家进行咨询，但最终的鉴定意见应当由本机构的司法鉴定人出具。
4．从证据的形式上看，医疗事故技术鉴定书只盖医学会医疗事故技术鉴定专用印章，专家鉴定组成员并不在鉴定书上签字，因此，专家鉴定组成员也不可能出庭接受当事人质询，这是医疗事故技术鉴定书作为证据使用的明显缺陷。而医疗过错司法鉴定实行鉴定人负责制，司法鉴定应当由司法鉴定人签名或者盖章；司法鉴定人经人民法院依法通知，应当出庭作证，回答与鉴定事项有关的问题。
