《通知》要求，医疗机构异地设置分支机构、疾控等卫生单位设置医疗机构，应当严格按照相关要求进行。
医疗卫生机构的法人代表是其所设置分支机构监督管理的第一责任人。要主动加强对所设分支机构的管理，明确落实分管领导及具体的部门，负责分支机构的日常监督管理，建立健全分支机构规章制度，组织分支机构工作人员进行法律、法规、政策和医疗技术的培训学习。如果分院出医疗事故，医院法人要担责。
按照卫生部制定的相关检查评价标准，定期对分支机构执行国家有关法律、法规、规章制度情况、医疗质量持续改进情况、医院感染控制、实验室质量控制、医疗废物处理、医疗纠纷处理、财务运行管理等情况进行监督、指导，提出相关建议，促进其健康发展。
《通知》还对规范分支机构执业行为作出规定：分支机构名称、印章、银行账户、牌匾以及医疗文件中使用的名称，应当与卫生行政部门核准的医疗机构名称相同。分支机构应当严格按照卫生行政部门核定的诊疗科目以及《医疗机构基本标准（试行）》相关规定配齐相关专业技术人员、配备相关医疗设备、设置相关科室。分支机构应规范使用卫生行政部门核定的医疗机构名称，不得随意篡改。
在分支机构执业的卫生专业技术人员应相对固定，并按规定办理执业注册手续。如有人员调整，设置分支机构的医疗机构应当及时、主动办理医师执业地点变更手续，完成变更注册后方可执业。医疗机构委派专家到分支机构开展诊疗活动，应按照《医师外出会诊管理暂行规定》办理相关手续。
分支机构还应当严格按照《医疗机构管理条例》、《医疗机构管理条例实施细则》的相关规定及时办理变更、校对等法定手续。医疗机构药事管理部门应当建立规范的药品配送制度，原则上分支机构不得单独采购药品、器械和其他医疗用品。
自规范发布之日起，各医疗机构将在一个月内对各自设立分支机构的情况进行自检自查自纠。对于医疗机构分支机构的设立，国家有相应的标准。其中人员、设备、房屋这三项是必不可少的。设立分支本意是要解决老百姓的看病难，医疗机构对分支机构的管理要有长效机制。如果1个门诊部有300张床位，按照规定，床位与人员配备比是1：1。分支机构要么增加人员、要么核减床位。
卫生行政部门在对医疗机构分支机构的监管上将采取灵活多变的方式。自查阶段过后，卫生部门还将不定期对医疗机构进行抽查，发现不符合规范的，坚决撤销。
分支机构，这在医疗管理上属于新词。昆明市卫生局医政处虽然已经收到了相关文件，但苦于文件没有对医疗机构分支机构进行界定，而难以开展工作。
有关负责人表示，分支机构一词，并没有在任何规范文件中出现过。分支机构的界定是以资产关系、经济形式来划分吗？目前，医疗改革后，有大量民营资本涌入医疗行业，而无论是分院、派生机构，还是社会投资项目都是属于公立医院资产管理范畴。卫生部门无法介入其资产管理规范中去。这些疑问也是困扰昆明市卫生行政部门执行该文件的一大疑虑。
而卫生厅则表示，卫生行政机构管的是机构的准入，达到相应级别的医疗机构来登记，卫生部门考查其质量、技术、人员准入、资质。因此，并不需要在界定分支机构上费心思。
一些州市医院，迫于经营压力，便在城区地带，分配人员出去设置分支机构，以缓解经营压力；一些医院，为方便市民就诊，在边远地带设置分院，如昆华医院在北市区所设立的门诊；还有一些卫生机构门诊，如健康教育所等也有分支机构。各医疗机构的分支方式多样化，管理上有些混乱。目前，一部分民营医院也开始设置分支机构，如圣约翰医院虹山分院。
分支机构的管理、运行上存在着三大顽疾。人员承包部分科室项目开展诊疗，其设备可能达不到相应的要求，影响了医疗质量的提升；而公立医院分院在房屋设施上又有所限制，医疗人员与患者配备比无法满足1：1的要求；部分卫生机构设置的分支机构，由于性质决定，他们只能做一些健康知识以及保健，对治病并不内行。
很多民营医院、社区医院还没有发展和成长起来，城镇医疗服务体系发展不平衡，优质医疗资源缺乏，种种原因孳生了医院分支机构。这需要鼓励这些医疗机构规范化成长，健全医疗服务体系。如社区卫生机构，农村三张网的全面覆盖：居民保险、新农合、城镇职工医疗保险。
随着医疗改革的深入，目前，昆明人可以享受到公立医疗机构服务、民营医疗机构服务、社区卫生服务体系、农村卫生服务体系等4大医疗服务体系。
目前，昆明市有各级各类医疗卫生机构2777个，医疗床位2.44万张，卫生从业人员4.2万人。建立了210个社区卫生服务中心（站）、40个流动人口卫生服务站，形成覆盖80%以上城镇居民的社区卫生服务网络。其中，民营医院76个，开设床位3166张，从业人员4469人，拥有资产5.8亿元。
但是，优质医疗资源只集中在少数大医院。市卫生局有关负责人介绍，由于过去没有规范管理，这些医疗机构的分支机构究竟有多少，还无法准确掌握。
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