（一）概念上的区别。医疗事故是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。医疗过错是指医疗事故以外，由于医院的过错，造成患者人身伤害的过错。
（二）医疗事故与医疗过错在适用法律上存在差异，从而在鉴定、赔偿数额等存在明显不同。前者主要依据国务院颁布的医疗事故处理条例，后者主要适用最高人民法院关于审理人身损害赔偿。医疗事故的鉴定机构是医学会，医疗过错的鉴定机构是司法鉴定机构。按照医疗事故赔偿所得要低于按照医疗过错赔偿所得。由于医疗事故鉴定被限定在纠纷医院所在地的医学会，鉴定的专家和纠纷涉及的医院有千丝万缕的联系，被认为是兄弟之间的鉴定，鉴定专家不需对鉴定结果承担任何责任，所以其鉴定的公正性被广泛质疑。医疗过错的鉴定机关没有地域限制，且鉴定人员为法医，鉴定人员对鉴定结果负责，鉴定相对公正，曾经有统计，在不被鉴定为医疗事故的医疗侵权中，有70％以上被鉴定为医疗过错。
之所以出现医疗事故与医疗过错的区分，除了与目前法制现状有关外，很重要的原因与目前医疗事故鉴定缺乏公正有直接的联系。由于医疗侵权的特殊性、复杂性，此二元制的现象将在很长一段时间持续存在。
（三）关于医疗事故与医疗过错的关系，人民法院在审理医疗纠纷案中应当处理好《民法通则》与《医疗事故处理条例》之间的关系。对于鉴定机关认定不构成医疗事故，但在审理中有证据能够认定医疗机构确实存在过错，应当根据《民法通则》关于过错责任的认定，确定医疗机构应当承担的责任。
（四）医疗事故鉴定与司法鉴定的关系。在医疗事故纠纷处理过程中往往涉及多个鉴定，以至重复鉴定。对此，根据最高法院《关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知》的规定，在诉讼中，交由医学会组织鉴定。对不构成医疗事故，当事人要求对医疗机构的过错以及伤残等级进行鉴定的，按照《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》组织鉴定。
（五）医疗纠纷中举证责任倒置与正置的关系。最高法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第4条中的规定是举证责任的倒置，但只是部分举证责任倒置，即涉及医方是否有医疗过错，医疗行为与损害结果之间是否存在因果关系负举证责任。关于患者与医疗机构是否存在医患法律关系，患方是否存在损害事实、是否存在实际损失、损失多少等，属于举证责任正置，举证责任在患方。只有患者提供的证据达到《民诉法》第108条规定的起诉条件，人民法院才予立案受理。经过审理，只有患方对其负有举证责任倒置才有意义。否则，应当依法驳回。
