第一，当发生医疗事故或者发生可能是医疗事故的医疗纠纷后，医院应当立即进行调查、处理，并向当地卫生行 处长部门报告，这是医疗机构的法定义务。
一些省(自治区、直辖市)对医疗机构及其主管部门调查处理医疗事故或者医疗纠纷的时限作出了规定。其中规定“立即调查”的有天津、宁夏;规定 “立即进行调查、处理”的有福建、江西、广东、海南、四川、云南、西藏;规定了具体时限的有北京(二个月内向病员或其家属宣布处理意见)、河北(接到病员及其家属的申诉后，应在一个月内作出书面答复)、辽宁(在医疗事故或事件发生后一个月内提出处理意见)、吉林(医疗单位的查处工作一般应在事发后的三十天内结束，并提出处理意见，并以书面形式通知病员及其家属)、广西(在事故或事件发生后一个月内提出处理意见，并惧书面形式通知病员及共家属)、云南(医疗单位于一个月内作出结论;当地卫生行政部门三个月内作出结论或复查意见);规定“及时答复”的有浙江。其他省、自治区、直辖市没用对医疗机构查处医疗事故或可能是医疗事故的医疗纠纷的时限作出具体规定，但是《医疗事故处理办法》第九条规定了“医疗单位发生的医疗事故或事件，应当立即进行调查、处理”，因此未对事故处理时限作出规定的省、自治区、直辖市应当立即进行调查、处理“。因此未对事故处理时限作出规定的省、自治区、直辖市应当执行这一规定。这里“立即”可以理解为“24小时之内”
第二，当发生医疗事故或可能是医疗事故的医疗纠纷时，病人及其家属可以以向医疗单位提出查处要求，这是病人的法定权利。《医疗事故处理办法》第九条规定：对于医疗单位发生的医疗事故或事件，“病员及其属可以向医疗单位提出查处要求”。如果医院方面不积极对事件进行调查处理，并且隐瞒和掩盖真实真相，既不解释病人及其家属提出问题，也不提出解决方案和提出书面处理意见的话，病人及其家属可以提请当地卫生行政部门处理。
第三，某些医疗机构无权自行调查处理医疗纠纷。《医疗事故处理办法》第九条规定：“个体开业的医务人员发生的医疗事故或事件，由当地卫生行政部门组织调查、处理。”这时所说的“个体开业的医务人员”是指个体诊所中的医务人员。根据上述规定，发生在个体诊所的医疗事故医疗纠纷，该诊所无权自行调查处理。在各地制定的《〈医疗事故处理办法〉实施细则》中，对于哪些医疗机构可以自行查处医疗事故和医疗纠纷，哪些医疗机构不能自行查处医疗事故和医疗纠纷作出了具体规定。
第四，发行医疗事故后，事故单位必须立即查处封病例、有关物证和原始材料。这是医疗机构的法定义务。《医疗事故处理办法》第八条规定：“发生医疗事故或事件的医疗单位，应指派专人妥善保管有关的各种原始资料。严禁涂改、伪造、隐匿、销毁。因输液、输血、注射、服药等引起的不良后果，要对现场实物暂时封存保留，以备检验”。各省、自治区、直辖市制定的《〈医疗事故办法〉实施细则》也有相应的更为具体的规定。
第五，在医疗事故或可能是医疗事故的医疗纠纷中，对死亡原因不明确的，应当进行尸体解剖。《医疗事故处理办法》第10条规定：“凡发生医疗事故或事件，临床诊断不能明确死亡原因的，在有条件的地方必须进行尸检。尸检应在死后48小时以内，由卫生行政部门指定医院病理解部技术人员进行，有条件的应当请当地法医参加。医疗单位或者病员家属拒绝进行尸检，或者拖延尸检时间超过48小时，影响对死因的判定，由拒绝或拖延的一方负责”。因此，病人家属如果拒绝或者拖延尸体解剖，将承担“败诉”的后果。
