发生重症病例的风险在孕妇、不足2周岁的儿童以及患有慢性肺部疾病的患者医`学教育网搜集整理中最高。在美国，已经有86名18岁以下儿童死于H1N1流感感染。这个数字在这个流感季节早期是不寻常地高，并且会随着感染病例数增加而上升。当地专家说：“这是一个非常刺眼的数字，在从9月至下一年5月的整个流感季节，此类死亡人数通常仅有约40-50人，然而目前仅一个月就已超过这个数字。”
为什么有些病例会演变成进行性肺炎？为什么儿童死亡病例数这么高？目前医`学教育网搜集整理还没有足够充分的信息来解释这些问题。然而就病毒学的观点而言，主要有以下两个因素。
一个因素是病毒不寻常的基因组结构。雪貂、小鼠以及灵长类动物实验的结果表明，在宿主呼吸系统（包括肺组织）中，2009 H1N1流感病毒株较季节性流感病毒株能够更好地进行复制。一种能够解释这种差异的实验是构建2009 H1N1流感病毒和季节性H1N1流感病毒的基因重组病毒，该病毒的一个或者几个RNA发生替换。
另一个因素是群体免疫力。2009 H1N1病毒的HA来源于猪；在人类从来没有如此广泛地传播携带猪源HA的H1N1流感病毒（1976年H1N1猪流感病毒的传播散范围没有超出小城Fort Dix）。
H1N1流感病毒可能在1918年前后开始感染人类和猪，此后在这两个物种中独立地进化。从1918年至今，H1N1流感病毒一直在猪群中传播。由于1957年H2N2流感病毒株的出现，H1N1病毒在人类的传播被终止。然而1957年感染人类的H1N1病毒株在1997年重新感染人类，该毒株与2009年猪源的H1N1流感病毒的亲缘关系较远。如果你出生于1950年以前，你医`学教育网搜集整理就可能对2009 H1N1病毒株有某些抵抗力。
已知孕妇发生重症流感的风险增加，但是其原因不明。一种解释是激素水平的医`学教育网搜集整理差异能够影响机体免疫应答，但是具体机制仍然不明确。
