医疗纠纷的调解组织。依主持者的性质，调解可以分为：行政机关的调解、民间（组织）调解、法院附设的诉讼前调解等。就我国的情况而言，卫生行政机关在医疗纠纷的调解中占据着核心地位，《条例》对此作了专门规定：卫生行政机关调解的范围是当事人之间关于医疗事故的赔偿等民事争议；调解是可选择的并且不具有强制力，其履行取决于当事人的意愿。实践中，卫生行政部门作为行政机关以及行业主管机关，其所具有的权威性对医疗纠纷的调解具有重要作用，许多医疗纠纷都通过调解获得解决。实际上，调解的生命力在于第三者的居间公正裁决与调和，然而人们经常怀疑卫生行政机关在调解中能否一贯保持中立性。因此，有必要在卫生行政机关调解之外发展民间组织的调解以及法院诉讼前调解，扩大医疗纠纷当事人对调解组织的选择范围，以利于公正合理地解决医疗纠纷。
就民间组织的调解而言，可以借鉴其他国家和地区的做法，在负责医疗事故技术鉴定的医学会下设立调解机构，利用其熟悉专业以及相对中立的特点，中立地、公正地调解医疗纠纷。同时，鼓励律师事务所以及律师对医疗纠纷进行调解，增加医疗纠纷民间组织调解的渠道。法院附设的诉讼前调解是为许多国家所采用的一种方式。在医疗纠纷的解决中，法院基于其中立性以及权威性所进行的调解往往使得当事人更容易达成协议，以解决医疗纠纷。
调解与其他纠纷解决方式的衔接。调解的本质属性是契约性，许多国家的法律对此都予以明确确认。即便在有些情况下，法律规定在启动某一个争议解决方式之前，必须进行强制性调解，所谓的强制性调解也不应被理解为侵害了调解的契约性质，因为调解协议的达成仍取决于当事人之间的合意。
调解的契约性在一定程度上决定了调解效力较弱的弊端。调解协议的履行是医疗纠纷得以解决的关键，而这取决于当事人的意愿。如果当事人不履行调解协议则医疗纠纷仍然没有得到解决。有鉴于此，如果医疗纠纷当事人选择通过调解解决医疗纠纷，则应保留其对诉讼或仲裁的二次选择权，以便进一步获得具有强制执行力的纠纷解决方案。同时，医疗纠纷的当事人也基于认识到最终可适用其他纠纷解决方式的安全感而会倾向于首先通过调解解决医疗纠纷。
