根据《最高人民法院关于参照＜医疗事故处理条例＞审理医疗纠纷民事案件的通知》，起诉到法院的医疗赔偿纠纷包括两种情况，即医疗事故引起的和医疗事故以外原因引起的。案由不同，诉讼时效的起算时间迥然不同。
因医疗事故以外原因引起的医疗赔偿纠纷（常被称为医疗过错赔偿纠纷）适用“从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”的规定。此类案件诉讼时效的争议，主要发生在对“知道或应当知道”的理解和判定标准不一。就字面而言，“知道或应当知道”不难理解，即从权利人知道或应当知道自己权利被侵害的时候开始算。但实际里边学问很深。你说他知道，他说自己不知道，而且有人还真的不知道。你说他虽然可能是不知道，但按理讲是应当知道的，权利人会说为什么我就应当知道？你说“应当”，我就“应当”吗？对此，司法实践的判定标准通常是以有证据表明权利人知道自己的权利被侵害的日期，或者根据一般规律推定权利人知道自己的权利被侵害的日期。比如，单纯胆囊切除术后数天，因出现发烧、腹痛、进行性黄疸等症状，经权利人签署二次手术同意书而行胆肠吻合手术。此时的“二次手术同意书”就是证明权利人知道自己的权利被侵害的证据。再如，一般情况下单纯性阑尾炎手术后一周即可拆线出院，但某患者却非正常住院长达一月以上。若该患者或家属是完全行为能力人，则根据一般规律可推定该患者或家属知道或应当知道自己的权利被侵害（即存在医疗过错情况）。在此情形下，诉讼时效的起算时间就是从证据形成的时间或侵害事实发生的时间。
对于既无证据证明，又不能按一般规律推定权利人知道自己权利被侵害的，则诉讼时效从发现侵害事实的实际时间起算。如10年前曾有剖腹产手术病史，10年后因行阑尾炎切除术意外发现腹腔内遗留有陈旧性纱布，则该例纠纷的诉讼时效则应从10年后意外发现的时间起算，此前既无证据、也无法按一般规律推定权利人“知道或者应当知道”发生了损害事实。
而对医疗事故引起的医疗赔偿纠纷而言，诉讼时效的争议主要发生在对“权利被侵害时”的理解不一。根据现行法律规定，医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件必须具备一个前置条件，即已构成医疗事故。而医疗事故的确认权限专属于设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会及其以上各级医学会。在未经上述医学会的医疗事故鉴定和认定之前，医患双方均不可能“知道或者应当知道”。同时，医疗事故认定是一个需经特定程序的鉴定过程，故知道或者应当知道被确认为医疗事故的时间通常滞后于人身损害的实际发生时间，短则数月、长则数年或更长时间。不能以人身损害的实际发生时间已超过一年作为案件超过诉讼时效的抗辩理由。
