由于中药药理学研究对象是中药单味药及其复方的药理，无论是单味药或复方，其所含的化学成分都很复杂。中药药理研究不能脱离中医药理论的指导作用，不能忽略病与证的结合问题，从而决定中药药理学方法有其区别于一般药理学方法的特殊性。
（1）中药活性物质和药理活性的筛选方法：分为广筛法和定向法两种。广筛法是设定明确的实验指标，从大量的药物、有效部位或单体中筛选出具有某种特殊作用的药物。医`学教育网搜集整理如从大量的中药成分中筛选出对白血病具有抑制作用的中药青黛（有效成分靛玉红）；从对疟原虫鼠疟的抑制筛选出具有抗疟作用的中药青蒿（有效成分青蒿素）等，均采用了广筛法。定向筛选法是以中药及其复方的功效、主治为线索，设计药理实验，验证药理作用。比较成功的例子如从理气止痛中药玄胡索中筛选出具有镇痛作用的活性成分玄胡索乙素，从活血化瘀药中研制治疗冠心病的中药复方等。
（2）综合集成的中药药性理论研究方法：中药药性理论是数千年来指导临床实践的基本理论，其内涵包括四气五味、归经、升降浮沉、毒性、炮制、配伍宜忌、组方原理等多个方面，又与中医基础理论紧密相联，将中药药性理论现代化、科学化、标准化、规范化，事关中药现代化、国际化的大局。但中药成分的复杂性、中药药性理论的模糊性，决定了单靠一两个学科很难揭示中药药性理论的规律。如从中药基原而言，植物、动物来源的中药，亲缘关系愈近，活性成分愈相似，功效愈相似，而研究其中的规律就涉及到植物分类学、动物分类学、植物分子系统学、植物化学、中药药理学等学科；同一植物、动物基原，不同的药用部位、不同的采集时间、医`学教育网搜集整理不同的炮制方法，其所含活性成分的质和量有差异，药性、功效主治也有差异，而研究其间的相互关系又需要集成药用植物栽培、养殖技术、中药炮制学的理论和方法。中药进入人体，是一个复杂的过程，涉及到个体体质的差异性。经口用药又有一个吸收、分布、代谢、排泄的过程，研究相关专题与血清药化学、血清药理学、药代动力学、人类基因组学、疾病代谢组学有很大关系，因此，研究中药药性理论需要综合多学科的知识和方法，稳步推进，逐一突破，是一个长期的艰巨的系统工程。
（3）中药血清药理学方法：中药是一个含有多种成分的复合体，一般多使用粗制剂，经口服用，经过吸收、分布、代谢而发挥作用。针对这样的实际状况，日本学者在1984年提出“中药血清药理学”方法。它是指将中药或中药复方经口给动物灌服一定时间后采集动物血液、分离血清，用此含有药物成分的血清进行体外实验，与用中药粗制剂直接进行的体外实验相比，既保持了体外实验条件可控性强、药物效应易于检测、可深入揭示药物作用机理的优点，又能够防止中药粗制剂本身的理化性质对实验的干扰，反映中药在胃肠道消化吸收、再经生物转化、最后产生药理效应的真实过程，并代表了药物在体内产生作用的真正有效成分。目前在中药药理实验研究中得到了推广应用。
（4）病证动物模型方法：某些药物，多在病理情况下才产生作用，如五苓散对健康人、正常小鼠、家兔均无利尿作用，但对有水代谢障碍者有利尿作用。白虎加人参汤能降低血氧嘧啶性糖尿病动物血糖，但对正常动物血糖无影响。所以要建立与临床一致的病理模型进行药理试验。
①疾病模型：分为自发性疾病动物模型和诱发性疾病动物模型。前者是指对没有经过任何有意识的人工处理而在自然情况下发生基因突变、染色体畸变的实验动物，医`学教育网搜集整理通过定向培育而保留下来的疾病模型。诱发性疾病动物模型是指通过使用物理、化学及生物学等方法，造成动物整体、器官或组织发生一定程度的损害，得到某些类似于人类疾病的动物模型。
②证候模型：中医证候是疾病发展到某一阶段时对病因、病位、病性及正邪对比情况的病理概括。证候动物模型是指在中医药理论指导下，采用生物学等方法使动物出现中医证候的表现。如用大黄饲喂小鼠使其出现类似人类的“脾虚证”，用夹尾法制作大鼠肝郁证模型，用糖皮质激素喂饲制作大鼠或小鼠阴虚模型，用利血平皮下或肌肉注射制作小鼠阳虚模型，用氨水刺激小鼠制作肺虚痰组动物模型等，均是近年比较成功的证候模型。
③病证结合模型：参合中医的发病学说和西医的致病原理复制动物模型。如用饮食不节、劳倦过度等因素造成大白鼠脾虚证模型，在此基础上加用氯化铝复制的Alzheimer型痴呆疾病模型。将家兔在禁水禁食18小时后，以速尿二度利尿脱水，造成“阴津亏虚”状态，然后注射大肠杆菌内毒素以致“热盛”，从而完成温病阴虚热盛模型的制作。采用中剂量链脲佐菌素腹腔内注射及肥甘饮食持续喂养10周的方法，复制实验性NID？鄄DM大鼠模型（消渴）等，均为比较成功的病证结合模型制作方法。
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