财政部科研所所长贾康认为，政府医疗卫生投入的最终目标是要推动解决群众“看病难、看病贵”问题，提高民众的健康水平。
贾康说，基本医疗卫生制度所提供的，是最低收入阶层也能获得的基本医疗卫生保障，保证人人享有的基本医疗卫生服务，是惠及全民、人人受益的公共产品。对于这种公共产品的提供，公共财政是责无旁贷的。把基本医疗卫生制度作为公共产品向全民提供的医改方案，标志着我国政府职能的转变和整合，也标志着公共财政建设进入了一个新阶段。
最近几年，是政府卫生投入增长最快的时期。据财政部公布的数据，2003年至2008年6年间，全国财政医疗卫生支出年均增长27.74%，大大高于同期财政支出的增长幅度。2009年，中央财政预算安排医疗卫生支出1181亿元，比2008年预算数增长38.2%。
新出台的医改方案，对政府卫生投入提出了更加明确的要求：逐步提高政府卫生投入占卫生总费用的比重，使居民个人基本医疗卫生费用负担有效减轻；逐步提高政府卫生投入占经常性财政支出的比重，政府卫生投入增长幅度要高于经常性财政支出的增长幅度。政府投入重点用于支持基本医疗保障制度建设、健全基层医疗卫生服务体系、促进基本公共卫生服务逐步均等化、建立国家基本药物制度和公立医院改革试点。未来3年，为支持医改五项重点改革，各级政府需要投入8500亿元。这是新增加的一笔巨大的投入。
8500亿元能否花在百姓头上，是人们最为关心的问题。
中国社会科学院财贸所副所长高培勇认为，政府加大投入，是建立基本医疗卫生制度的重要保障。但关键是要转变投入机制，使财政的钱切实花到实处。比如，通过政府购买服务等方式，变“养人办事”为“办事养人”，有效促进医疗卫生体制机制的转变。推行绩效考评，对医疗卫生机构提供的医疗卫生服务进行量化考评，对医改取得的成果进行科学评估，并将考核结果与医务人员的收入挂钩，与政府投入相结合，以提高政府投入的效率。推行核定收支，对基层医疗卫生机构的补助，要在核定收支的基础上确定。首先要核定工作任务，然后核定收入和支出数额，对于核定收支后的差额部分，由财政在绩效考核的基础上予以补助。
财政部科研所副研究员刘军民建议，政府不仅要转变投入方式，资金监管方式也应改革和创新。医改资金投入重点在基层，一个较为有效的办法是探索推广注册会计师审计披露和代理会计核算工作，政府财政部门则强化对注册会计师审计质量的再监督。同时，各类公立医疗卫生机构和接受政府资金投入的医疗卫生机构经过审计的财务报告要通过网络公开，接受社会和公众监督。
