新医改争议最多的地方，就发生在基本药物制度上。基本药物就是廉价的常用药。而对基本药物的价格实施某种程度的管制也是十分必要的。
据发改委透露，目前，我国纳入政府管理价格范围的药品数量为2400种，占市场流通药品数量的20％左右，占市场销售份额的60％左右。在现行体制下，实行政府定价的药品，主要是国家基本医疗保险药品目录的药品及其他垄断的特殊产品（如避孕药、预防免疫药、麻醉药等）。
而定价方式为，国家制订最高零售价格，生产经营企业和医院在“不突破政府规定的最高零售价格”的前提下，依据市场竞争情况确定实际出厂、批发和实际零售价格。其中，医疗机构拥有15％的加价权，可以在购进药品价格的基础上加价15％，作为自己的合法收入。
故而在此前“以药养医”的体制下，药品价格在各环节的实际构成中，生产成本只占30％，商业流通成本占到20％到25％，其中包含医药代表5％的提成，医院环节占据45％到50％，其中包括医院加价、折扣和医生回扣的费用。
为了有效地管理药价的问题，发改委相关人士透露，下一步政府将继续调整政府定价药品范围，有可能在现有基础上扩大。
日前，卫生部党组书记高强在由卫生部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局等部门共同举办的“建立国家基本药物制度，保证群众基本用药”研讨会上指出，基本药物制度有7个基本政策框架，包括由政府组织对基本药物实行招标定点生产、集中采购、直接配送，在基层医疗卫生机构全部使用基本药物等。
按照新医改方案，《国家基本药物目录》名单要缩减——现行的《国家基本药物目录》种类达2033种，按世界卫生组织推荐标准，要重新遴选基本药物目录，给出一个合理的品种和数量，大概选出400种左右。据报道，由卫生部和药监局主导，基本药物制度初步遴选出了756种（西药430，中药326）。
此外，医改意见稿中关于建立健全药品供应保障体系时提到，建立国家基本药物制度，中央政府统一制订和发布国家基本药物目录。并且建立基本药物的生产供应体系，在政府宏观调控下充分发挥市场机制的作用，基本药物由国家实行招标定点生产或集中采购，直接配送，减少中间环节，在合理确定生产环节利润水平的基础上统一制订零售价，确保基本药物的生产供应，保障群众基本用药。
对于这一方案的可行性，中国青年报社会调查中心近日联合新浪网进行了一项名为“你怎么看待新医改方案”的调查，62．1％的被调查者表示，“建立国家基本药物制度，基本药品定点生产、直接配送、统一定价，并提高报销比例”是对本次医改方案最满意的方面。尽管大部分人赞成国家基本药物制度，但对其实施效果却不乐观。37．3％的人认为基本药物制度很难有效解决“看病贵”问题，29．1％的人认为有待实践观察，认为可以在很大程度上解决的仅占6．8％，认为可以根本解决的仅占1．3％。
这一方案得到了最高的公众满意率，但是因为基本药物制度，改变的是药物生产、流通、定价等整个产业链条，故而牵扯了一大批经济体的相关利益。其中，争议主要发生在两大部门之间——卫生部跟人力资源和社会保障部。
在全国政协召开的一场“基本药物制度”研讨会上，两部委就基本药物建构思路，进行了公开表述。此次，卫生部跟人力资源和社会保障部并未取得一致意见。
人力资源和社会保障部针对新医改方案，首次提出了自己的意见。他们的论据是，在药品生产和流通领域来寻找解决思路可能是“葫芦僧判断葫芦案”。道理很简单，药价高，根源在于医疗医药体制存在制度性弊端，即在当前医药定价机制和支付方式下，医疗机构对高价药品存在“偏爱”。而他们提出的解决方案是，医保机构作为药品的主要付费者，发挥其“团购”力量，与药品供方谈判出一个合理的基本药物价格。
人力资源和社会保障部有关负责人发言时称，定点生产、集中采购的办法有一定的现实合理性，但要“防止产生垄断”，充分尊重市场经济的客观规律，建立统一规则下公平竞争的药品市场。该部门发言人表示：“究竟基本药物供应体系该如何建构？医改新方案中除了‘定点生产’，还提出了颇有市场色彩的‘集中采购’，但谁来负责集中采购，则是市场和计划的分野。如果规定只能由政府来采购就是计划经济，如果允许所有拥有资金并且有兴趣的机构（包括医保机构和医疗机构）都来采购，那么就能发挥市场机制的作用。”
对于这一问题，中国经济体制改革研究会医改课题组组长顾昕同样认为，这种思路是一种十分类似于粮食统购统销的思路。“根据有关建议，这种思路的具体实施方案有可能如下：第一，基本药物目录由中央来制订，大约600种；第二，各省制订3－5年的生产、采购、配送和使用计划；第三，以省为单位实行定点生产、集中采购、统一配送、强制使用。这种统购统销的做法，不仅会有损药品生产和流通领域中的竞争，而且对医疗体制的改革也没有多大帮助。”
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