犯本罪的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金，严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
为保障公民身体健康和生命安全，依法惩处非法行医犯罪，最高人民法院根据刑法有关规定，出台了《最高人民法院关于审理非法行医刑事案件具体应用法律若干问题的解释》。
司法解释进一步明确了认定非法行医犯罪行为，并对造成刑法有关条款中“情节严重”和“严重损害就诊人身体健康”的情形，作出了详细规定。
第一条，具有下列情形之一的，应认定为刑法第三百三十六条第一款规定的“未取得医生执业资格的人非法行医”：
（一）未取得或者以非法手段取得医师资格从事医疗活动的
第二条，具有下列情形之一的，应认定为刑法第三百三十六条第一款规定的“情节严重”：
（一）造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的
（二）造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的
（三）使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的
（四）非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的
第三条，具有下列情形之一的，应认定为刑法第三百三十六条第一款规定的“严重损害就诊人身体健康”：
（一）造成就诊人中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的
（二）造成三名以上就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的。
