以往由于财政对公立医院的投入由全额拨款改为差额拨款，因此给予医院药品加成15%的政策，以“政策换财政投入”，这导致了饱受诟病的“以药养医”格局形成。药品收入在这些医院的总收入中要占到50%左右的水平，根据广东省卫生厅测算，如果取消15%加成，一般三甲医院每年将损失800~1000万元以上的利润。
“问题是现在关于取消加成后医院资金的缺口怎么补偿没有一个明确的机制，省财政转移支付多少，地市和县要出多少，没有固定机制和明确办法。”廖认为在这些财力没有明确之前，公立医院对新医改反弹很大。
这本属预料中的问题，但在此次的新医改方案之中，并没有给出明确的答案。据悉，在新医改方案中，将提出公立医院的药品收入占医院总收入比是三级医院不能超过40%，三级以下医院不能超过50%。
“以前这个比例其实一直作为内部控制的比例，只不过这一次披露出来作为制度固定。” 哈尔滨医科大学卫生经济教研室主任杜乐勋对记者说。
在新医改方案中，提出通过提高医疗服务价格来补偿取消药加价形成的医院损失。但怎么补，比例是多少，仍是一个未知数。
在公立医院补偿机制难以确立的情况下，就意味着长期以来因“医药不分”导致“看病难、看病贵”的沉疴症结在公立医院特别是大医院这一层级，在近年中将难以改变。
“这事实上是一个筹资机制，按照筹资机制，医院应该分为福利性医院、公益性医院和营利性医院三种。”城市医疗保障制度研究协作委员会前秘书长周寿祺对记者说，“如果是财政部出钱，就应该叫‘国立医院’，如果是省财政出钱，就应该叫‘省立医院’，依此类推。”但目前公立医院的分类比较模糊，主要是各级政府对筹资责任的不明确。
事实上，在过去3年的医改方案讨论中，关于财政增加投入是补供方(医院)还是补需方(医保)一直争论不止，新医改方案最后选择是补需方和基层卫生体系，而关于目前医疗服务提供的主力军——大医院则采取了先“搁置”。
与公立医院的改革难题一时难以破解相对应的，是对卫生行政管理体制改革的“推延”，这便是同样饱受诟病的“管办合一”体制。
在以往，公立医院的垄断一直被认为是造成医院趋利化严重，医疗资源分配不均，导致医疗服务体系“倒三角”结构形成的原因。在这背后，是卫生部门集管办于一身，大部分的精力花在了公立医院的发展上，在政府投入不足的情况下，包括资金、人才等资源分配都倾向了大医院，忽略基层卫生体系的建设。
在履行监督职能的时候，卫生部门又往往倾向于保护大中型医院，导致医院在偏离公益性目标的道路上越走越远。
因此，打破卫生行政管理体制上的利益纠葛，实行“管办分开”是近年来各界呼吁要改革的重点之一。自2001年以来，各地也在试点医院托管制和“管办分离”。
“实施的效果并不好，一些地方从卫生局拆分出一个医院管理中心作为医院的出资人代表，管经营，但卫生局有一些权力又不愿意放手，医院的感受就是又多了一个婆婆。”周寿祺说。
在卫生系统内部，也一直抵制和反对“管办分离”， “医改能不能进行得彻底，要看卫生管理的这种机制能不能改得动，医改医改，就是要改革卫生行政管理体制。”杜乐勋认为。
“从我们医院的角度来说，我们是赞成管办分开的，建立现代化的法人制度，减少卫生部门在医院经营管理中的行政干预。”北京安贞医院副院长周生来对记者说。他认为，管办合一目前是既缺乏公平，又缺乏效率。
医院管理委员会的职能和定位引人关注，这是否代表“管办分开”的一种形式？受访的医改专家认为目前并不清楚。
“是不是由包括卫生、医保，甚至人大代表这样的社会人士共同组成，负责对医院的公益性进行考核以及参与医院的规划发展？”杜乐勋认为，医院管理委员会要强化社会监督的力量，而不仅仅是医院内部人士组成的经营管理团队，否则作为福利或者公益性质的公立医院的“公益性”考核和“管办分开”将难以做到。
“目前来看，卫生部门出于利益调配的考虑，对公立医院暂时还是不愿意放手的。”周生来认为。
在广东省公立医院的试点过程中，廖新波有点抱怨，他认为试点医院并不是自愿申请的，也没有经过卫生厅的选核，而是由发改委系统来定夺，到了财政支付的时候又是财政部门说了算。
在以往相当长的时间里，医疗体制的改革几乎是卫生部一家在弄，但医改涉及药监局、财政部、发改委、人保部等部门，卫生部往往独力难支，将现时医疗体制存在的诸多问题推在卫生部的身上，显然有失公平。
这3年来，新医改方案的出台整合了多部门的力量，建立了协调机制，并由国务院进行总决策。但在这一过程中，部门利益的冲突也表现出来。
例如此次关于基本药物制度的制订，便出现了卫生部、发改委和人保部的冲突，卫生部提倡基本药物定点生产、直接配送。而人保部则提倡由医保机构组织集中采购和价格谈判，定价权仍然掌握在发改委的手中。
“怎样定点？谁来定？谁来配送？政府还是企业？谁是中间环节？”中国医药商业协会一位人士对记者说，如果这些词语前的主语是“政府”，意味着可能会出现寻租空间。谁掌握了基本药物目录，谁就主导了基本药物采购、生产、供应等的整个链条。
“医保目录和基本药物目录怎么整合是一个问题，医保目录是管住院和大病统筹，基本药物目录主要是管门诊和小病，现在要求是加大门诊报销比例，但卫生部和人保部现在有点各干各的意思。”一位受访者认为这些都是必须在方案中明确的问题。
包括在新农合的问题上，也存在类似的争议， “人保部想把新农合合过来，但卫生部也不同意，当年公费和劳保医疗解体后，卫生部也想把新农合给劳动保障部，但劳动保障部那个时候嫌新农合参合率低，农民缴费水平低，不愿意要。现在看新农合步入正轨了，参合率和筹资水平都上来了，又想要过来，但现在卫生部又不同意了。”一位熟悉卫生系统的人士对现在利益面前，部委打架的局面很愤懑。
“说白了，新医改方案只是一个大原则，一个指导意见，关键要看如何操作，如何保证它的具体实施。” 上海交通大学公共卫生学院院长、卫生部政策法规司前副司长蔡仁华对记者说。
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