现行医疗服务体系存在"看病难"等问题，实际是医疗资源不足和医疗资源配置不合理。解决这一问题的方式不仅仅是由国家加大投入，而应当着力强调向社会开放医疗服务领域，引入竞争机制，给予社会资本投入医疗领域与公立医疗机构同等的政策待遇，发挥"无形的手"在解决医疗资源不足和医疗资源配置不合理中的作用。 新医改方案一方面规定要"鼓励和引导社会资本发展医疗卫生事业、形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制"，另一方面却又强调加大政府投入、突出政府在医疗资源配置中的"主导""补助"等作用。 人大代表全国工商联执委高翔指出，对于向社会资本开放医疗资源，除了口号式的宣示外，没有规定任何实质性的内容。在政府向公立医疗机构进行如此多的"投入""补助"的情形下，非公立医疗机构是无法与其处于同一个竞争起跑线的。这种不平等的地位难以保障二者之间的公平竞争。"没有公平的竞争机制，试图通过市场规律合理配置医疗资源就成为一句空话。"他说。 此外，政府作为一个宏观领域的调控者、政策引导者以及行业监管者，自身投入办各类医疗机构不仅与其职能不符，而且政府投入决策的滞后性、决策机制的盲目性、资金投入的不经济性以及资金的有限性等因素，决定了其难以合理配置医疗资源。
医药分开主要是医疗机构通过医生开处方、医院卖药，使得医疗机构、医生与药品销售行为具有密切的经济联系。这种利益链机制导致医院和医生的用药不合理、开高价药或大处方药，患者受害无穷。 人大代表湖南老百姓医药连锁有限公司董事长谢子龙认为，新医改方案中尽管提出了实行"医药分开"，但在具体内容中，根本没有对"医药分开"提出任何实施措施，只提出了"实行医药收支分开管理"。 "这一措施实际是一种另类的医药不分。"谢子龙说，"实行医药收支分开管理"仍然是由医生开处方，医院卖药来实现的，卖药的体系仍然寄生于医院。其与以往"医药不分"不同的是：收入的药费要上交给有关政府部门。既然药品通过医院销售给患者，那么医院或相关主管部门购进药品的权利依然存在，医生与药品生产经营商的利益关系可以通过寄生于医院的药房确认，这种制度安排仍然没有真正实现医药分开。实行医药收支管理下的医院、医生，仍然可以通过药品的采购权、处方权与药品生产经营商进行利益交换。
公立医疗机构的上级主管部门是卫生行政主管部门，许多公立医院隶属于卫生行政主管部门，院长由卫生行政主管部门任命，政府拨款由卫生行政主管部门核定拨付。因此，社会上称卫生局局长也是公立医院的总院长。卫生行政主管部门作为行政权力机关既是医疗机构的监管机构，又是公立医院作为被监管对象的院长任命单位和财产拨付核定单位。 "卫生行政部门既当裁判员，又当领导人，还当财务总监。"人大代表山东济宁医学院附属医院院长武广华认为，新医改方案要求公立医疗机构"实行医药收支分开管理"，实际是要求公立医疗机构将医药收入上缴卫生行政主管部门，支出由卫生行政主管部门拨付。"在核定收支、以收抵支、超收上缴、差额补助等管理办法下，将公立医院的财产与卫生行政主管部门的财产混为一谈，公立医院实际沦为卫生行政主管部门的一个部门或一个科室，进一步强化了管办不分。"武广华说，无论是公立医疗机构、还是非公立医疗机构，都应当具有独立法人资格，依照法人治理结构的要求，建立独立于投资者的自主管理机构(如董事会或管理委员会、董事会或管理委员会下的院长负责制等)，享有独立的人事任免权和财产权，并独立地承担民事责任。
新医改方案指出"对基本药物由国家实行招标定点生产或集中采购，直接配送，减少中间环节，在合理确定生产环节利润水平的基础上统一制定零售价"。人大代表和政协委员认为，这违背了市场经济原则，实际是冠以市场机制的名头，采用计划经济的做法。 人大代表江苏康缘药业股份有限公司萧伟表示基本药物一般是仿制药，同一个品种往往有多家甚至几百家生产。况且，中国的药品生产企业有4000多家，相互竞争十分激烈，根本无需采用"定点生产"方式。如果按照市场经济原则，就应当由这些生产厂家相互竞争，只有竞争，才有可能提高药品质量和服务水平。政府确定"定点生产"厂家难以保证公平公正，应该实行全国公开招标。 人大代表黑龙江葵花药业集团董事长关彦斌指出，基本药物由不同的医疗机构使用，进行集中采购不现实的。究竟是由国务院集中采购？或是省(市)级、地(市)级、县(市)级、乡镇级等政府部门集中采购？多长时间采购一次？计划采购的量是否符合实际需要？新医改方案都对这些没有明确说明。 人大代表河北神威药业股份有限公司董事长李振江书面表示，新医改方案拟对基本药物采取"直接配送"的方式，也违背市场经济原则的。大多数药品生产企业(无论定点与否)根本没有配送体系，由定点生产企业向千家万户医疗机构直接配送所生产的药品，不仅不能保证方便、及时，而且花费的配送成本是巨大的。 此外，新医改方案对基本药物实行政府定价，也是一种不合理的价格形成机制。他们指出，政府作为行政管理机关，对药品的定价不可能真实反映市场情况。从国家发改委降价20多次未取得任何实质性效果来看，政府对药品价格的管制失败了。这主要要在于，市场价格要根据市场经济规律随时调节，政府定价的药品无法及时传导并反映这一市场信息。
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