这次改革贯彻落实科学发展观，坚持以人为本，针对群众不断增长的医药卫生新需求和医药卫生发展的新趋势以及面临的新挑战，着力进行探索创新。总体看，有以下五个方面重大创新：
一是在改革的理念上，首次提出“把基本医疗卫生制度作为公共产品向全民提供”。改革的目的十分鲜明，就是要建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，解决群众反映较多的“看病难、看病贵”的问题。方案始终贯穿坚持公共医疗卫生公益性这条主线。这一理念的创新既符合医疗卫生自身发展规律，又符合中国基本国情，具有重要意义。
二是在改革的基本原则上，明确强调政府主导与发挥市场机制作用相结合，强调坚持公平与效率的统一。一方面从维护广大群众健康权益出发，提出强化政府在基本医疗卫生制度中的责任和在提供公共卫生和基本医疗服务中的主导地位。另一方面，强调注重发挥市场机制的作用，统筹利用全社会的医疗卫生资源，力争形成高效的药品供应保障体系、多层次医疗保障体系和多元化办医格局，促进有序竞争，提高服务质量和效率，满足群众多层次多样化需求。
三是在近期改革的重点上，突出基本、基础和基层，强调面向农村，惠及群众。从国情和初级阶段的特点出发，提出首先解决公平问题，保基本需求，建立基本医疗卫生制度。第一次提出建立覆盖城乡居民的基本医疗保障体系，也就是全民医保；坚持预防为主的方针，把公共卫生服务体系与医疗服务、医疗保障、药品供应保障体系并列，作为构成基本医疗卫生制度的四大体系予以加强，首次提出基本公共卫生服务均等化的目标，缩小城乡居民基本公共卫生服务的差距；第一次提出初步建立国家基本药物制度，整顿治理药品生产供应保障体系，规范用药行为，降低药品价格和患者医药费用；着力加强基层医疗卫生服务体系建设，使广大城乡群众不出乡村、社区就能得到比较好的基本医疗卫生服务。同时，根据基本国情，强调了县级医院在农村防病治病中的龙头作用，提出了全面加强县级医院建设，提高医疗服务水平和质量，使农村大病不出县。
四是在改革的基本思路上，远近结合，把解决群众看病就医突出问题与建立完善基本制度体系结合起来。一方面着眼长远，突出顶层设计，第一次系统提出了建立有中国特色的基本医疗卫生制度的基本框架，明确了深化改革的总体方向和目标、主要任务及主要政策措施，即“一个目标、四大体系、八项支撑”。同时，立足当前，提出近期要着力抓好五项重点改革，即“四项基本和一项试点”，增强改革的可操作性，五项改革相互联系，涉及医药卫生体制改革的关键环节和群众最为关切的问题。
五是在改革的方法步骤上，强调试点先行，稳步推进。由于医药卫生体制改革涉及面广，情况复杂，政策性强，地区差异大，方案中一些重大改革，由中央明确目标取向和基本原则，给地方留有操作空间，鼓励地方因地制宜试点探索，通过总结和积累经验，把改革不断推向深入。
此外，在具体政策措施上，也有不少亮点，如把建立医药卫生信息系统作为改革的重要抓手；鼓励社会资本举办非营利性医院，加快多元办医格局的形成；提出建立住院医师规范化培训、研究探索注册医师多点执业，提高医疗服务水平和质量；采取定向免费培养等多种方式为贫困地区农村培养实用卫生人才；开展医务社会工作，增进医患沟通等等。
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