1、在破产申请方面，没有规定企业申请破产的标准。现行破产法规定破产程序开始的前提是债务人陷入了不能清偿到期债务的财务困境。而不清偿的原因，既可能是资不抵债，也可能是债务人资产虽然大于负债，但因资金周转不灵而陷入无力清偿或停止支付的财务境地。就破产法申请的主体而言，破产法规定债务人可以提出破产申请，但需经上级主管部门同意，由此债务人的破产申请权便形同虚设。尽管破产法也规定了债权人可以申请企业破产，但缺乏保障债权人实现这种权利的机制。因为债权人很难了解债务人的经营状况，企业除注册资金公开外，其生产经营状况、盈亏状况处于保密状态，是否严重亏损，债务人一般不会向债权人提供真实的经营状况，使得债权人特别是异地债权人无法掌握债务企业情况，从而无法及时申请债务人破产还债，因此其权益就不能及时得到保障。
2、在具体制度方面，试点与非试点城市企业破产的政策之间，政策、规章及与法律的规定之间也存在一定的冲突。如破产主体适用法律问题，《破产法》规定主体为国有企业，而有关政策把适用主体又分为国有工业企业和内外贸易企业，《民事诉讼法》的破产程序则适用于国有企业以外的全部企业法人。范围，称谓不统一，具体操作常令人无所适从。
3、在破产清算方面，破产法规定破产企业被宣告破产后15日内成立清算组，那么宣告破产前的企业财产审查，清算工作由谁来做?有关破产法规规定破产清算人员的组成由法院从企业上级主管部门、财政、审计、工商行政管理、税务、物价等部门及有关专门人员中指定组成。没有债权人代表参与清算，使债权人对清算情况缺乏全面客观的了解，对破产财产究竟有多少心中无数，在破产财产处理中难免受制于人。因清算工作与清算组成人员无利益关系，事实造成企业主管部门全权掌握的状况。而企业主管部门在利益驱动下，对破产企业，部门、地方利益考虑较多，在清算、估价、提出财产处理和分配方案等方面难以公平、公正，债权人利益得不到应有的保证。
4、在破产财产分配方面，破产法规定了分配顺序，但有关标准不明确，给一些人侵害债权人提供了可乘之机:一些地方破产费用和提取标准混乱，费用提取过多，使可供分配的破产财产减少，损害了债权人的利益;有的企业破产清算组、评估机构等在破产清理中高收费、乱花费、企业微薄的变现收入消耗在清理过程中，致使本己不高的清算率更为降低。
5、相关法律对于破产违法责任的规定弊端较多。除构成犯罪外，破产法对破产企业的法定代表人和直接责任人只给予行政处分的制裁显然太轻。同时，因为没有相应的经济责任，使债权人的损失得不到赔偿。此外，该法虽规定了对于严惩违法行为给予刑事制裁，但“破产犯罪”不同于一般犯罪，对破产犯罪的行为，罪名，量刑尚未作出明确，具体规定，这就使法律对于故意转移，隐匿财产的违法行为打击不力。
6、相关配套制度不健全。破产制度的规范运作需要良好的法律环境，而目前一些与之密切相关的制度尚不健全。首先，是尚未形成规范、公开的产权交易，财产拍卖市场，破产财产的变卖，转让困难，秩序混乱，价格难以体现价值，使债权人的利益在破产企业有效财产处理中损失加重，破产企业有效资产中主要以固定资产和土地为主，评估变卖这部分资产直接影响到债权人的受偿率。对固定资产和土地的评估变卖，往往是由政府撮合成交，交易行为随意性大，难以实现价格的市场化。由于寻找购买方大都是个体行为，没有经过多家竞价拍卖，致使破产资产价值难以得到较为准确的体现，有的低价处理破产财产，变相抽逃资金;也有地方故意高估资产价值，致使资产变现处理难以进行，债权人受偿不能到位。二是社会保障体系不完善。
在旧的经济体制下，企业既担负生产经营任务，又承担社会保障责任，企业对职工的“统包”和职工对企业的依赖，在短期内难以清除。企业破产后，实体虽已消亡，但其承担的非经济的社会保障任务仍需转嫁。在破产案件处理中，职工安置是一个敏感而复杂的工作，稍有不慎就易引发社会问题。由于我国社会保障系统不完善，许多地方政府无力解决这一问题，只能从破产财产中额外拔出一部分来安置职工。目前许多地方以低价寻求一个企业整体收购的所谓“便捷”做法在损害债权人利益的同时，也无法达到优胜劣汰，优化资本结构这一企业破产制度的目的 。
