首先，由于欠据和借据在性质上的差异决定了，在诉讼时效问题上，两者不同。为了防止混淆，有必要顺便说明借据诉讼时效问题。
关于借据之时效，在《辨析》一文作者指出，“出借借款或给付借款之日(一般情况下是同时的)就是借款合同成立并生效之日。从合同的诉讼时效而言，如果借据注明了还款日期，那么诉讼时效就是还款日期之日起两年，如果没有注明还款日期，从给付借款之日起两年。这与一般的货物买卖合同的诉讼时效没有任何区别：约定了给付货款的时间，时效从约定的时间开始起两年;没有约定给付货款的时间，应从买方收到货物之日起两年。所以对于借据而言，诉讼时效期间实际上不应也不宜用”债权人权利受到侵害之日起计算“的方式表述，”。对此笔者有不同意见。 借据是借款合同的凭证，而非合同本身，借款合同有书面和口头合同之分。书面借款合同是诺成性合同，一经签订即生效，无需以交付借款为生效要件;口头借款合同是实践性合同，给付借款之日，合同才生效，若仅有借款承诺，出具欠据，而无实际给付借款，则债权债务关系也并不产生、存在。据此，若从出具日或给付借款日起算2年时效，使得合同履行期间包含在诉讼时效期间里，且2年期间过短，明显限制了债权人的权利。且如前文所论述的，出具欠据或给付借款并不表示权利受到侵害，因此这是不合理的。综上所述，笔者认为，此种情况下，如果从出具日或给付借款之日起20年内，债权人主张权利，则诉讼时效从主张之日起适用2年时效。在债权人主张权利日之前的期间，视为双方合同履行期，而主张权利之后才计算诉讼时效期间，这样有利于维护债权人的利益，较为公平合理。如果债权人在20年内不主张权利，则诉讼时效不起算。这是因为只要债务人一日不还款，债权人的权利就处于受持续侵害下，因此即使债权人利用20年之时效期间，反复主张权利，中断时效，也无可厚非。并且，债权人没有主张权利，无从得知权利是否受到侵害，因此不适用2年时效。但是此种情况下，根据法律之规定，仍然受到最长时效20年的限制，这样可以防止法律关系长期处于不确定状况下，有利于社会经济发展。最高院关于民法通则的《意见》第3点就是这样规定的(此处的侵权应当作扩大理解)。
关于欠据之诉讼时效，《辨析》一文作者认为“欠据出具之日就是双方债权债务形成之日，同时也是债权人向债务人主张权利之日。……故权利人应该在出具欠据之日起两年内向人民法院主张权利”，笔者认为此观点值得商榷。对于欠据的诉讼时效问题，应当灵活适用，具体问题具体分析，一概而论，是无法解决此问题的。
其次，欠据诉讼时效的适用。由于在实践中，欠据产生的情形之多，因此，每种欠据所应适用的诉讼时效也略有差异，以下，笔者将基于前述分类，进行具体说明。
1、以合同之债为前提所出具的欠据。
在出具欠据时，表明合同之债关系转变成为纯粹的债权债务关系，出具日之前就是合同规定的还款期限，而在出具日，权利人就明知其权利受到侵害，所以应从出具日起算2年时效，即适用有条件一般诉讼时效。
2、作为合同履行过程的证明而出具的，或具有延展合同履行期作用的欠据。
对于上述第2，第3种欠据，笔者认为，此二种欠据，虽然在内容上体现债权债务关系的存在，但并不仅是债权债务存在的凭证，而主要是前合同的一个组成部分：或者是作为履行合同过程的证据，或者是对合同的补充。该欠据上所记载的债权债务关系仍然是合同之债，性质没有变化，债权人债务人也没有变更，仅是合同之债标的的数额随着当事人的履行而发生量的变化。因此笔者认为可将其视为合同的一个部分。由于是视为合同的一部分或辅助资料，具有一定意义的证据作用，是对合同履行的确认。因此笔者认为此种欠据，并没有必要讨论时效问题。在合同期满前，出具此种票据，是作为记载合同义务履行过程的凭证;合同到期后，出具此种票据，就成为债权人主张合同之债的一种手段，成为中断合同之债诉讼时效的情形之一。欠据上的债权债务关系就是前合同上记载的债权债务关系，欠据上记载的债权债务关系并非新产生且没有任何变化，而当债权人要主张债权时，也应以合同之债为由，其时效也应从合同期满，债务人违约之日起算两年时效。因此，单独讨论该种欠据诉讼时效，并没有多大意义。
3、作为合同之债移转的凭证所出具的欠据。
其诉讼时效应从出具之日起算适用两年时效。该种欠据是在合同债务人不能履行还款义务之后出具的，此时债权人权利已受侵害，且也明知道权利受到侵害，该欠据的出具证明了合同之债的移转，移转的结果即为变更债务人，而并不改变债权人权利已经受到侵害的事实，且此种欠据所记载的债务人应承担与合同之债债务人相同的责任，也表明了新债务人对债权人的权利造成侵害，所以应从出具之日起计算时效。
4、如果借款合同或买卖合同等基础合同灭失，而债权人以其所持有的欠据主张权利，则诉讼时效如何计算?
如果欠据本身记载清晰、详细，则应从出具之日起算诉讼时效。从出具之日起算时效，使得债权人主张权利的期间缩短，理论上是不利于债权人的，但是，在这种情况下，却是具有一定合理性的。由于此种欠据记载清晰详细，表明双方之间确实存在债权债务关系，所以对于债权人的权利应当予以确认和保护。但是，由于债权人无法提出其他证据进行佐证，使得权利受侵害的时间以及债权人明知权利受侵害的时间难以判断，债权人举证不充分，因此应适用对债权人不利的时效期间，这是由民事诉讼的风险性决定的。
如果欠据本身记载模糊，如仅注明欠某人多少金额，又缺乏相关证据佐证，此时无法证明债权债务关系确实存在，其真实性、合法性亦无法确认，对于此类欠据，法律不予保护，也就无需讨论其诉讼时效问题。
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