1.根据病情确定治疗场所。删除“疑似及确诊病例”，改为“应在具备有效隔离条件和防护条件的定点医院隔离治疗，确诊病例可多人收治在同一病室。”
2.抗病毒治疗：删除“目前没有确认有效的抗新型冠状病毒治疗方法。”在试用药物中，增加“磷酸氯喹（成人500mg，每日２次）和阿比多尔（成人200mg，每日３次）”两个药物。利巴韦林建议与干扰素或洛匹那韦/利托那韦联合应用。试用药物的疗程均不超过10天。建议在临床应用中进一步评价目前所试用药物的疗效。不建议同时应用3种及以上抗病毒药物，出现不可耐受的毒副作用时应停止使用相关药物。
3.重型、危重型病例的治疗。增加“康复者血浆治疗”，建议适用于病情进展较快、重型和危重型患者。用法用量参考《新冠肺炎康复者恢复期血浆临床治疗方案（试行第一版）》。
4.其他治疗措施：将对有高炎症反应的危重患者，“有条件可以考虑使用体外血液净化技术。”修改为“有条件的可考虑使用血浆置换、吸附、灌流、血液/血浆滤过等体外血液净化技术。”
5.关于中医治疗。通过对病人观察治疗的深入，在总结分析全国各地中医诊疗方案、梳理筛选各地中医治疗经验和有效方药基础上，结合已印发的《关于推荐在中西医结合救治新型冠状病毒感染的肺炎中使用“清肺排毒汤”的通知》、《新型冠状病毒肺炎重型、危重型病例诊疗方案（试行第二版）》和《新型冠状病毒肺炎轻型、普通型病例管理规范》等，对《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第五版 修正版）》进行了调整和补充。延续上一版对疾病全过程的分期，将中医治疗分为医学观察期和临床治疗期（确诊病例），将临床治疗期分为轻型、普通型、重型、危重型、恢复期。医学观察期推荐使用中成药。临床治疗期推荐了通用方剂“清肺排毒汤”，并分别对轻型、普通型、重型、危重型和恢复期从临床表现、推荐处方及剂量、服用方法三个方面予以说明。同时，在方案中增加了适用于重型、危重型的中成药（包括中药注射剂）的具体用法。各地可根据病情、当地气候特点以及不同体质等情况，参照推荐的方案进行辨证论治。
