在有限责任公司的法律关系中，股东与企业法人(营业法人)的权利义务有清晰的界限。在财产所有权方面，股东对企业财产的终极所有权仅表现为股权，与企业法人财产权严格分离，"股东不仅不能直接占有，而且也不能直接支配由自己的投资所形成的公司财产"。在债务责任方面，股东仅以注册登记的出资额为限，承担有限责任。企业法人具有独立的人格意志，股东的意思表示不等同于企业的意思表示，而只能通过其委派到企业中去的代表，按投资份额享有的投票权来影响企业法人的意志和行为。在企业法人因故终止进入清算阶段后，股东与被清算的企业法人仍不能混同。此时股东照样不能随意支配企业的财产，按《公司法》第195条的规定，在未清偿所有债务前，股东不能分配企业的剩余财产。在已投足注册资本的前提下，股东无须以自己的其他财产为企业清偿债务。股东也只能通过在清算组织中的代表来表达其意志，间接影响清算行为。正因为这样，有限责任的企业法人比无限责任的企业组织，具有更严密的组织结构和运作模式，具有更好的商业信用，在现代市场经济中具有更明显的发展优势。
清算法人是专指企业法人发生终止的事由后，由股东或股东的代表、有关机关及有关专业人员组成的，负责对该企业法人的财产进行保管、清理、估价、处理、清偿等清理工作的清算组织，一般称为清算组或清算委员会。清算组织之所以具有独立法人资格，是因为该组织不仅必须经工商机关登记成立，具有常设的组织机构，其公章经正式备案刻制，而且具有开展清算工作的全部民事权利能力和行为能力，在清算阶段具有法定的权利义务，完全取代原营业阶段的企业法人对外表达意志，独立行使民事权利，管理原企业法人的财产，并以清理所得的财产承担民事责任。赋予清算组织独立的法人资格具有特殊的积极意义，只有这样才能有效排除股东直接清算、或企业自行清算的不良影响。
股东在企业进入清算阶段的责任应该是组织成立清算法人，以清算法人为清算行为主体，而不是股东直接成为清算主体。有观点将股东等同于清算主体，实际上是将股东组织成立清算组的义务等同于对终止企业进行清算的义务，混淆了股东与清算法人的界限。这种理论前提推导而得的结论是股东不必通过成立清算组织，就可以直接清理终止的企业财产，包括起诉和应诉。这一论断显然忽略了股东、企业与其他债权人、债务人的关系平衡问题，使股东处于极其有利的地位，有可能仅选择对其有利的行为(如主张债权并直接受偿)，而不象清算组一样公告通知债权人。同时亦会将企业的财产和应收帐款混同为股东的财产。这样就会在清算阶段破坏有限责任公司制度，使其丧失原有的商业信用，也使第三人缺乏交易安全的最后保障。所以股东确实不宜定位为直接的清算行为主体。
至于营业法人，笔者认为应指未发生终止事由的企业法人。企业法人在终止事由出现之前，可以在工商登记机关核准的经营范围内活动;在终止事由出现后，即应停止开展新的经营活动，进入清算阶段。此时企业法人虽然未最终注销登记，但营业法人资格及相应的权利能力、行为能力应该消灭。对营业法人和清算法人的区别在此不必赘述，但是对什么是清算法人却难免有争议。有观点认为，处于清算阶段的企业法人即系清算法人，因而企业法人可以自行组织清算，包括以原有企业名义起诉、应诉。笔者认为，上述观点并不可取。企业法人自行组织清算既没有任何法律依据，也缺乏法理逻辑基础。企业法人自行清算的行为实际上是由原有的董事、经理人员组织实施，没有股东另派代表，也没有有关机关和会计师、律师等专业人员参与，企业经营者无需向清算组移交财产和会计帐册、经营凭证等并作相应的说明。这种清算行为缺乏起码的客观公正基础和必要的监督，很有可能会首先满足原有企业经营人员的利益，难以保障其他债权人的利益，也可能会与股东的清算利益发生冲突，即打破了企业所有者与经营者之间的平衡关系。企业法人终止后进入清算阶段，只有通过成立清算组，发布清算公告，才具有清算意义上的公示效力，才能引起第三人的注意，使第三人能够向清算组主张权利或履行义务，且不再与原企业法人发生新的民商事关系。而企业法人自行清算则不具有上述公示效力，自然也不可能使第三人的利益因公示清算程序而得到保护。正如自然人不可能清理自己的遗产一样，企业法人也不应作为清算法人自行清理终止。倘若将清算组织理解为清算法人，将企业法人限定为营业法人，营业法人在终止事由发生后停止一切活动，其财产交由清算法人管理，未完成的民商事行为(如补发工资、补交税费、清理债权债务等)转归清算组织履行，似乎更能有效地落实企业法人清算制度，保障股东及第三人的合法权益。
