我国关于股权转让所得税问题的解释散见于不同时期的多个法规中，而且解释都不尽相同，并且其中只有部分适用于外资股权转让所得税，因此，实务人员需要系统了解这些法规并且判断其适用性，才能准确地计算出外资股权转让应缴纳的所得税。
财政部[1987]033号文规定："股权转让所得是指合营企业的外国合营者、外资企业的出资者转让其在企业所有的股权而获取的超出其出资额部分的转让收益，应按规定征收20%预提所得税"。这里，股权转让所得是转让价格与出资额之间的差额。转让价格一般理解为收购双方确定的转让价格，出资额应理解为等值人民币金额。
国税发[1997]71号《关于外商投资企业合并、分立、股权重组等业务所得税处理的暂行规定》对计税转让收益的解释重新作了解释："股权转让收益或损失是指股权转让价减除成本价后的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额；如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等股东留存收益的，股权转让人随转让股权一并转让该股东留存收益权的金额(以不超过被持股企业账面的分属为股权转让人的实有金额为限)，属于该股权转让人的投资收益额，不计为股权转让价。股权成本是指股东(投资者)投资入股时向企业实际交付的出资金额，或收购该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。"即计税转让价格中不包括被持股企业的未分配利润及税后提存的各项基金等股东留存收益。
从国税发[1997]71号文的规定可以看出，外方股东享有的外商投资企业盈余公积和未分配利润等留存收益项目不计为股权转让价，但该文并没有明确外方股东享有的资本公积份额以及享有的实收资本份额与出资额之间的差额在计算股权转让所得税时应如何处理。外商投资企业资本公积形成的原因比较多，其中外资股东超资本金投资所形成的资本公积包括在71号文的"股权成本"中，而企业资产重组和债务重组等原因形成的资本公积在71号文中没有涉及。71号文的精神主要是避免双重征税，企业债务重组形成的收益已由企业缴纳了所得税，债务重组形成的资本公积部分不应计为股权转让价，但股权转让人享有的资产重组中形成的资本公积份额本质上属于资本利得，不属于投资收益。因此，在资产重组时不需要缴纳所得税，但在股权转让时该收益已经变现，按71号文的规定应计入股权转让价。
基于与国税发[1997]71号文同样的避免双重征税原则，国税发〔1998〕97号《企业改制中若干所得税业务问题的暂行规定》明确规定，计算企业转让股权所得税的转让收益也可以扣除盈余公积和未分配利润等项目，但国税发[2000]118号《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知(一)》否定了这一原则，要求："企业股权转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税"。国税函[2004]390号《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》规定："股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得"。
按照我国税收法规适用性规则，财政部〔1998〕97号文、国税发[2000]118号文及国税函[2004]390号文都只适用于内资企业，不适用于外商投资企业。因此，国税发[1997]71号文目前仍是关于外资股权转让的最新规定，即，外商投资企业的外方股东转让其股权时，计税转让收益中可以扣除股权转让人享有的盈余公积和未分配利润等留存收益项目，但中方股东转让其股权则不能扣除。
《新所得税法》规定，非居民企业的转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额，其中"收入全额"和"财产净值"的具体含义并不是清晰可见，需要在《新所得税法》的实施细则中加以明确。按字面含义理解，收入全额应该是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额，财产净值是指财产的账面净值，具体到外商投资企业的外资股权的财产净值应指外资股东应享有的外商投资企业净资产的账面净值。但考虑到外商投资企业经常有资产重组等行为，由此导致外资股东享有的外商投资企业净资产的变化属于资本利得，在资产重组时形成，在股权转让时实现。从所得税税收法理上看，此类资本利得应在外资股权转让时计入应纳税所得额。为避免税款计算遗漏，建议将外资股权转让中的"财产净值"解释为外资股东投入到外商投资企业的资本和应享有外商投资企业盈余公积和未分配利润的数额。
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