自2004年开始三年内解决全国范围内的拖欠工程款、这是国务院94号文件的明确要求，用司法手段解决拖欠工程款则是解决工程款拖欠最重要最有效的手段。律师办理有关建设工程合同纠纷案件，绝大多数是工程款案件或与工程款有关的案件，某种意义上说，解决工程款拖欠以及相关的法律问题，正是当前律师办理工程纠纷案件的第一要务。同时，由于建设工程合同本身的复杂性，导致相当多的工程款纠纷案件会遇到各种各样的疑难、复杂的法律问题，许多案件成为久拖不决，久拖难决的积案、悬案。面对工程款诉讼案件，律师在办案过程中尽管刻苦用心、绞尽脑汁，但由于我国整个建设工程的立法框架对工程款问题的调控办法相对薄弱，法律、法规层面的立法严重缺乏操作性条款，以致出现两大障碍性难题。首先，法官判案难以援引有针对性的法条。本人曾查阅最高人民法院审理有关建设工程案件的判决书。2001年，最高院下判了24个有关建设工程的二审案件，竟没有一个案件援引《建筑法》下判。第二，法官的自由裁量权太大。相同的、相类似的案件，各地、各级人民法院判法各不相同，同样是垫资承建工程，有的法院判有效，有的则判无效。在工程案件审理中的司法严重不统一已构成色彩斑斓的司法奇观，这不仅是律师办案难解的迷惘，也是法的天平失衡和当事人的合法权益难以得到公平保护的建设领域中的司法难题。
建设工程合同纠纷中有关工程款纠纷案件，在目前的司法实践中主要存在以下八大疑难问题：
1、对严重拖欠工程款的背景下，作为最底层的农民工工资如何保护;
2、一个项目先后签订几份合同即黑白合同，应以什么作为计价依据;
4、拖欠工程款可以顺延工期，凭什么可顺延，顺延应具备什么条件;
6、发包人迟迟不确认工程结算应以什么作为处理依据;
7、造价鉴定应如何把握，鉴定结论是否自然可作为判决依据;
拖欠农民工工资是拖欠工程款派生的直接影响社会稳定的大问题，而且农民工工资问题还往往因为工程转包或不规范分包使问题更加复杂。在立法层面，农民工工资问题的合同载体劳务合同，甚至在目前建设工程法律框架中没有任何法律、法规有所涉及。对于农民工的拖欠工资问题，司法解释第29条对农民工工资问题作出特别的保护性规定：“违法分包合同和转包合同被确认无效，实际施工人与发包人已全面实际履行合同并形成事实上的权利义务关系，实际施工人向发包人主张权利的，人民法院应当支持。实际施工人以分包人、转包人和发包人为共同被告起诉的，请求承担连带责任的，应予支持。”司法解释作出这样的规定，可以从我国《民事诉讼法》第97条寻找到依据。该法条规定：“人民法院对下列案件，根据当事人的申请，可以裁定先予执行：(一)追索赡养费、抚养费、抚育费、抚恤金、医疗费用的;(二)追索劳动报酬的;(三)因情况紧急需要先予执行的。”本人认为司法解释对解决农民工工资作这样的规定有法律依据。
此外，针对实践中与农民工工资直接相关的劳务合同，司法解释第7条还规定：“当事人主张总承包人、分包人与具有劳务作业法定资质的劳务作业承包人签订的劳务作业分包合同性质为转包合同;请求确认无效的，不予支持。”这一条司法解释的相应规定，事实上确认了劳务合同的合法性。至于劳务合同与转包合同的区别，主要视这两种合同指向的标的。劳务合同仅涉及人工费，不涉及分包工程;转包合同不仅涉及劳务，更主要的是合同指向的标的是分包的工程。从技术层面分析，劳务合同只计算人工报酬，一概只包人工;而转包合同计算的是分包工程的价款，是包工又包料的承包形式。
目前司法实践中又一个突出的矛盾是承发包双方当事人就一个工程在中标前后签订两份或两份以上合同，而数份合同的计价方式各不相同，在施工过程中双方往往实际履行的是未经中标备案的黑合同。对此类情况，不少办案法官无所适从，判案思路各不相同。司法解释第23条对此作出统一规定：“当事人就同一建设工程再行订立与中标合同的实质性内容不一致的其他合同，应以中标并经备案的合同作为结算工程款依据。”司法解释仅对黑白合同的工程款的结算依据问题作出统一规定，这对黑白合同在司法实践中的主要矛盾已经开出了最有用的药方，有助于此类疑难案件的切实解决。
至于黑白合同的不同表现以及评判标准，笔者认为黑白合同主要有以下三种情况：第一、依法应招投标的工程，以是否通过招投标来判断黑白合同;第二、地方政府对工程合同有备案或审批规定的，以是否经过备案或审查来判断黑白合同;第三，不属于上述两种情况，当事人先后签订了两份内容不一的合同,以是否实际履行来判断。针对上述三种不同情况，因准确依照法律的有关规定认定其效力，第一，如果这个合同是必须招标而没有招标的，出现了黑白合同，以经过招投标的为准。第二，合同按照政府规定应当经过备案的，先后签了两份合同，一份是备案的，一份是没有备案的，以备案的合同为准。第三，先后签订的两份合同，不属于前面有特定要求的，那么，两份合同当中，以实际履行的合同为准。这就是评判黑白合同的效力标准。
在审理拖欠工程款案件中的另一个具体问题，是被拖欠的工程款应如何计算利息。由于承包人的履约管理以及资料积累方面存在的缺陷，在司法实践中往往难以确定拖欠工程款从何时开始，利息计算的起始时间同时成为审判中的一个难题。司法解释第21条对此作出明确规定：“合同对拖欠工程款利息没有约定，发包人应当按照中国人民银行发布同期同类贷款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息自约定付款次日起算。没有约定付款时间或者按照约定难以确定付款时间的，利息自合同约定的工程款结算之日起算。难以确定工程款结算时间的，以工程交付次日起算。”
四：拖欠工程款可顺延工期，但承包人必须事先发过书面催告
催讨工程款案件还普遍存在一个复杂问题：承包人因拖欠工程款提起诉讼，发包人往往以工期逾期为由提出反诉，动辄提出数百、数千万的逾期赔偿，其目的是抵销承包人的诉讼请求;而承包人以发包人逾期付款工期可以顺延为由进行反诉抗辩，司法实践中却往往得不到法官的支持，原因是法官的自由裁量权缺乏统一的操作规矩。《合同法》规定承包人可顺延工期的法条共有三条。《合同法》第278条规定：“隐蔽工程在隐蔽以前，承包人应当通知发包人检查。发包人没有及时检查的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《合同法》第283条规定：“发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《合同法》第284条规定：“因发包人的原因致使工程中途停建、缓建的，发包人应当采取措施弥补或者减少损失，赔偿承包人因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。”问题是这三条规定对顺延工期使用的词语都是“可以”。就法律意义而言，“可以”是一个任意性的模态词，对《合同法》上述三条法律规定的事由，法官有权根据案件实际情况进行自由裁量，可以判决顺延工期，也可以判决不顺延工期。至于法官应根据什么作为标准进行裁量，法律本身并无规定。
针对法官对是否顺延工期的自由裁量权过大的弊端，司法解释第17条对此作出统一规定：“发包人违反合同法第278条、283条和284条规定，承包人应当及时书面催告发包人在合理期限内履行义务。发包人在合理期限内未履行义务，承包人有权要求发包人赔偿因此造成的停工、窝工等损失，并相应顺延工期。”有了这样的统一执法尺度，司法解释颁布施行之后，承包人及时发出书面催告即办理顺延工期签证，将成为企业合同履约管理的重要内容，同时也成为关于要求在拖欠工程款等事由的前提下顺延工期能否得到支持的分水岭。
