在原来的收费办法中，是1 万元以下收4%，现在是10 万元以下的收2.5%。但是，标的在100 万元、500万元、1000 万元以上的案件，原来的收费比例是0.5%， 现在是0.9%、0.8%、0.6%。在这个基础上，《办法》对有些按件计收的案件，适当地提高了一点标准，因为原来的标准太低，大家寻求司法保护所应当付出的成本都未能达到。
第二个方面，完全取消了弹性的收费项目。在《办法》中，完全取消了人民法院认为“应当收的”、“可以收的”等没有量化标准的收费，过去的“其他诉讼费”、“执行中实际支出的费用”都取消了，也包括由当事人承担的审判人员的差旅费用。
但是，执行的申请费保留了，并且有所提高。当事人不自动履行法院的裁判文书，申请人到法院申请强制执行的申请费，在早期的几个修改稿中都是被取消的。社会上对收取申请执行费反映比较大，专家学者也论证说这笔钱不该收。但是，根据现在法院执行难的实际情况，法院的执行成本非常高，执行难一直在高位运行，如果执行不收费将不利于维护法院的权威，不利于解决执行难的问题，也不利于对不自觉履行判决的人给予应有的制裁。所以，就这个问题最高人民法院坚持与国务院法制办当面谈了好几次，一直到倒数第二稿才把这一部分内容加上去。而且，我们还提出了如果取消执行中的实际支出费用，申请费必须要提高标准。最后，国务院法制办采纳了这个意见。
所以，现在的执行申请费由过去的0.5%提高到1.5%。
第三个方面，法院不再代收代付。《办法》规定，公告费、鉴定费、评估费、拍卖费等费用，都由当事人直接找拍卖部门、鉴定部门交费，法院不再代收代付。对这一条，我们曾提出了在实际中不好执行，在经过与国务院法制办同志充分交换意见后，我们还是接受了这一条款，我们法院自己要对此进行规范。另外，从法院办公费用中支出的为当事人复印材料的费用，应当由当事人交，对法院办公费用予以补偿是理所当然的。但对这一条，财政部门有不同意见，最后没有写进去。
