专利法、商标法、著作权法等知识产权法律对举证责任作了一些特殊的规定，比如专利法第五十七条第二款规定，因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或者个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任。商标法第五十六条第三款规定，销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得的并说明提供者的，不承担赔偿责任。但停止侵权的责任仍然要承担，除非双方当事人另行就此达成协议。著作权法第十一条第四款规定，如无相反证明，在作品上署名的公民、法人或者其他组织为作者。该法第五十二条规定，复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作行为有合法授权的，复制品的发行者或者电影或者以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的复制品的出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。
初看起来，这些法律条文似乎都是民事责任方面的规定。但仔细推敲，这些规定都应属于对举证责任的法律规定，是专为知识产权诉讼中某种举证不能时，当事人应当负担一定民事责任而作的特殊规定。对上述这类关于举证责任的特殊规定，人民法院应当严格执行。在知识产权案件审判中，遇到法律特殊规定的情形，应当适用知识产权法律特殊的规定，而不适用最高人民法院关于证据规则的一般规定。
这个问题的焦点主要集中在如何处理好证据公开质证与保护被告商业秘密的关系上。根据专利法第五十七条第二款规定，这类专利侵权案件是要由被告提供其产品制造方法不同于专利方法的证明，这是被告的法定举证义务，应当严格执行。专利法如此规定，是由于是否使用某种方法专利的证据很难提供，原告只要能证明被告生产的新产品与专利产品一样，举证责任就发生倒置，由被告证明其生产产品的方法不同于原告的方法专利。该项规定是知识产权举证责任倒置最典型的例子，适用时要把握好以下几个要点：
一是要在原告完成了应负的举证责任之后，才能实行举证责任倒置。除了上文所述外，原告还要证明被告生产的产品与自己依照专利方法直接获得的产品属于同样的产品，同时还要说明依据自己的专利方法所直接获得的产品是一项新产品。如果原告不能证明这两点，或者被告能够举出相反的证据推翻原告的事实主张，被告就不承担提供自己产品制造方法的举证责任。
二是应当将被告提供的证明其产品制造方法的证据限定在必要的范围内，即以足以证明其产品制造方法与原告的专利方法不同为必要，而不是要求被告提供其产品的全部制造方法。例如，被告只要证明其产品制造方法的个别工艺步骤、化合物的个别成分等，与方法专利的某一必要技术特征不同也不等同，即为完成了举证责任。这样就可以在很大程度上起到保护被告商业秘密的作用。
三是被告根据法定举证责任倒置义务所提供的证明其产品制造方法的证据应当依法进行质证方能作为认定案件事实的根据，不能以所提供的证据涉及商业秘密而拒绝质证。既然要质证，当然也要将证据提供给对方，进行证据交换，否则就无法质证。
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