第一，医疗事故纠纷存在民事、行政两种法律关系。制定《办法》的最终目的．不仅仅是为了解决医疗事故的赔偿问题，同时最主要的目的是减少医疗事故的发生。要减少医疗事故除了应当给予患者及其家属赔偿外，还应加强对医疗机构及其医护人员的管理，追究出事故的医疗机构及其医护人员的法律责任，从而避免或者减少医疗事故的发生。因此，当医疗事故纠纷发生后，不仅存在民事赔偿问题，同时还存在对出事故的医疗机构及其医护人员的行政处罚问题。换言之，医疗事故纠纷既有一个民事赔偿法律关系存在，同时又有一个行政处罚的行政法律关系的存在。民事赔偿问题，由人民法院按照民事诉讼法的有关规定处理是完全可以的。但是，行政处罚问题，只能由负有对医疗机构及其医护人员监督职责的卫生行政机关按照行政处罚程序处理。如果仅仅由人民法院处理．民事赔偿问题可以得到解决，但是，行政处罚问题却得不到处理。这显然不完全符合《办法》的最终目的。
第二，卫生行政机关对医疗事故纠纷赔偿问题进行调解处理与法理相符。民事诉讼法定，民事纠纷由人民处理。有关法律末明确授权其他行政机关裁决医疗事故赔偿纠纷。这并不意味着，行政机关对医疗事故纠纷的赔偿可以完全不闻不问。尽管，不能对医疗事故纠纷进行裁决，但为了减少法院的压力，利用其懂医疗技术，熟悉有关法律规范，完全可以对赔偿问题进行调解。这种调解行为并不存在行政权干预司法权的问题，是符合我国的法制原则的。要尽量避免医疗事故： 也要正确客观的看待。
第三，司法监督可以保障医患双方的合法权益。卫生行政机关在调解处理医疗事故纠纷时，首先应当对医疗机构及其医护人员的医疗行为是否属于医疗事故进行确认，如果属于医疗事故的，在对民事赔偿问题进行调解的同时，须对医疗机构及其医护人员作出行政处罚的决定。调解达不成协议或者达成协议后反悔的，当事人可以就有关赔偿问题向人民法院提起民事诉讼。医患双方对确认及处罚决定不服，均可以向人民法院提起行政诉讼。也就是说，行政机关的调解处理不是最终处理，医患双方对处理决定不服，均可以通过司法程序途径得到救济；卫生行政机关偏袒医疗机构及其医护人员所作出的违法处理决定，均可以通过司法救济途径得到纠正，医患双方的合法权益均可以得到充分的保护。此外，患者及其家属直接向人民法院提起民事诉讼的，当法院认定为医疗事故医疗事故后，卫生行政机关，还应根据法院认定的事实对医疗机构及其医护人员作出行政处罚决定。
第四，随着机构改革的深化，卫生行政机关偏袒医疗机构及其医护人员的问题，将会大大减少。在计划经济时期，卫生行政机关与医疗机构之间确实存在着隶属关系。但是，随着改革开放的深入发展，政府的卫生管理部门与医疗机构之间不再具有隶属关系，医疗机构是根据法律、法规及政策完全独立自主的事业型经营单位，两者之间是管理与被管理、监督与被监督的关系。由于历史的原因，一些卫生行政机关处理医疗事故纠纷时，不自觉地、或多或少地偏袒医疗机构及其医护人员，在社会上确实造成了一些不良影响，损害了卫生行政机关的威信。随着机构改革的不断深化，司法监督的力度加大，相信这类问题的发生会有所减少。对卫生行政机关在医疗事故纠纷处理会偏袒医疗机构及其医护人员的担心是没有必要的。
