一种观点认为，应按最高人民法院的通知规定继续适用，即构成医疗事故起诉到法院的，赔偿问题参照条例的规定办理；未构成医疗事故的其他医疗损害赔偿纠纷适用民法通则的规定，在具体处理确定赔偿项目及数额时可适用人损司法解释的规定。
另一种观点则认为，最高人民法院的通知对于构成医疗事故的医疗损害赔偿纠纷案件只是规定了参照条例的规定办理。最高人民法院的通知下发时，人损司法解释尚未实施，现人损司法解释实施后，应当按照人损司法解释确定医疗单位所应负民事赔偿责任的大小，而不应拘泥于最高人民法院的通知规定，即不论医疗损害是否构成医疗事故都应按人损司法解释确定医疗单位应负民事赔偿责任的大小，否则有可能出现同样的损害后果而所获得的赔偿却大相径庭的现象，这对于保护患者的合法权益是极为不利的。
之所以出现上述争议，是因 为我国目前还没有侵权行为法或一部专门性的立法来调整医疗损害赔偿纠纷，以《医疗事故处理条例》这样一部行政法规来调整完全属于民事法律关系的医疗损害赔偿纠纷显得力不从心。《医疗事故处理条例》作为行政法规应是对行政法律关系进行调整，而现实是对医患双方的民事法律关系也在实现干预，造成审判实践中法律适用上的冲突和适用法律的尴尬。而《民法通则》关于侵权损害赔偿的规定又过于笼统和原则，缺乏可操作性。最高院人损司法解释施行后，对于《民法通则》的有关赔偿规定进行了足够的细化，具有可操作性，并且该解释在确定赔偿项目和计算赔偿数额上充分体现了对于受害人这一弱势群体的人文关怀。
纵观世界各国医疗事故立法与司法实践，对于民事赔偿问题采用的最基本的原则都是“受害人有权要求加害人承担因其过失侵权行为造成的一切损害，从而使受害人恢复到如损害未曾发生的状态”。这不仅是医疗事故损害赔偿的原则，更是民法的基本原则。对照《医疗事故处理条例》与人损司法解释的相关条款我们不难发现，《条例》在赔偿的适用上存在着一定的局限性。主要表现为：
（1）《条例》第49条规定，医疗事故赔偿应当考虑医疗事故的等级确定具体赔偿数额，但如何根据事故等级确定赔偿数额在条例中无具体规定；该条第二款规定“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”，更是在实践中成为医疗单位与患者之间的争议焦点所在。现在的审判实践已经表明，在诉讼过程中经法院委托医学会对是否构成医疗事故进行鉴定的，其结论为医疗事故的数目极为有限，在个别地区几乎为零。试想如果我们要执行最高人民法院的通知规定，按《条例》执行的话，对于不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任，以此为由驳回患者一方的诉讼请求的话，显然是不现实的，通常我们又以“不属于医疗事故，医疗机构不承担医疗事故赔偿责任，但仍然要承担一般侵权的民事责任”为由判令有过错的医疗机构承担赔偿责任。可见我们在此适用了双重的标准，即一方面，我们既强调适用《条例》，另一方面，又不按《条例》的规定执行，从法理上是讲不通的。
（2）对于患者死亡的，《条例》只规定了丧葬费和精神损害抚慰金，精神损害抚慰金的数额以事故发生地年平均生活费计算，赔偿的最长年限为6年，无死亡赔偿金的规定，而人损司法解释第29条规定，死亡赔偿金是按受诉法院所在地上一年度城镇居民我均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准按二十年计算，此项就涉及到患者一方的重大利益；
（4）对于结案后确实需要治疗的，《条例》规定是按照基本医疗费用支付，而什么是基本医疗费用、基本医疗费用之外的合理支出能否得到赔偿等问题无法在条例中找到答案，这样的规定无疑有损于患者一方的利益；而人损司法解释这方面的规定要更科学、更合理、更人性化，在人损司法解释第19条规定了后续治疗费的赔偿问题，在第32条规定了超过确定的护理期限、辅助器具费给付年限或者残疾赔偿金给付年限后赔偿权利人请求继续给付护理费、辅助器具费或者残疾赔偿金的问题。对于医疗损害后续治疗的费用，国外大都规定应当以“在医疗上和社会普通观念上都具有必要性和适当性”为依据加以判断，也就是说，医疗损害后续治疗费用只是要在医疗上和社会普通观念上属于必要且适当的，就应当给予赔偿。
从《条例》的性质和目的上来看，《条例》是国务院制定的行政法规，其侧重医疗行政管理关系，对于出现的医患纠纷经医疗事故技术鉴定后构成医疗事故的，在行政上如何进行赔偿作出了具体规定，制定《条例》的目的在于强化卫生行政部门的职责，明确医疗事故处理工作的主管部门是卫生行政部门，“医疗事故”这一概念实际上是对行政责任的界定。当《民法通则》对于医疗损害的赔偿无具体明确的规定时参照其适用无可厚非，也是解决医疗损害赔偿的权宜之计，当人损司法解释出台后，应当适用人损司法解释的规定。因为对于普通患者来说，医疗单位的医疗过错或差错行为是否构成医疗事故并非是患者关心的问题，他们所关心的和需要解决的是与医疗单位之间的民事实体的权利义务关系，即能否获得赔偿以及赔偿多少的问题。
所以说，在民事诉讼程序中，《条例》并不能充分地保护患者一方的利益，医疗机构可以借口《条例》无规定拒绝患者的赔偿要求，法官也因《条例》无规定而不敢下判。制定和实施《条例》的一个重要的目的在于预防和减少医疗事故的发生，如果说，构成医疗事故反而比不构成医疗事故获得的赔偿更少的话，我不敢说这会给我们的医疗机构传达怎样的信息？
综上所述，笔者的观点是，对于起诉到法院的医疗损害赔偿案件，不论其是否构成医疗事故均应按人损司法解释的规定确定医疗单位应当承担的民事赔偿责任的大小及赔偿数额的多少，除非赔偿权利人明确表示同意按《条例》规定接受裁判。前已述及，在民事诉讼中填平受害人的损失是民法的一项基本原则，对于按《条例》规定不能使受害人得到足额赔偿的情况下，我们为什么不能适用民法通则有关诚信、公平的原则规定作为补充呢？
为了平等保护医疗单位和患者的利益，在诉讼程序中，法院应注意释明权利的行使。在起诉立案阶段即向赔偿权利人说明以“医疗事故赔偿纠纷”和“医疗损害赔偿纠纷”或“医疗服务合同纠纷”起诉的不同点，要求起诉人明确诉讼请求。在审理过程中，亦应通过对法律规定的解释向赔偿权利人进行宣传，允许其变更诉讼请求，使赔偿权利人在法律的框架内能够尽可能多地得到赔偿。
近年来，医疗纠纷案件逐年上升，成为社会关注的热点，也是法院审判工作的难点，积极而慎重地处理这类案件，对于促进医学科学的进步与发展，保护患者的合法权益，维护社会秩序的稳定有着十分重大的现实意义。
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