〈一〉执业医师在本单位以外从事医疗活动的行为的界定。
首先，执业医师所在单位如果与别的医疗机构有相互合作的协议，进而被委派到其他医疗机构行医或执业医师经合法批准的兼职活动，这两类行为属于正常的医疗业务交往，有助于相互合作、提高医疗技术水平，因而是为法律所保护的行为。
其次是医生的走穴行为。医生为了谋利，未经允许私自到其他医疗机构从事与其业务相关的医疗活动，由于医生本身的执业资格和执业水平并无瑕疵，再加上其他医疗机构有保障其医疗活动正常开展的设备和条件，其行为给公民的生命与健康造成危害的可能性就较小，只须施以行政处罚，无须提升到刑法的层面来加以调整。
再次是执业医师的私下坐堂与到非医疗机构行医的问题。医师资格证书与医生执业证书的取得，表明行为人已经具备了行医的最基本条件，行为人自身的能力已经达到了从事该类活动的业务水准，行为人能够凭借自己的知识在合法的医疗机构开展诊疗、预防、保健业务。但是，“巧妇难为无米之炊”，医疗业务的展开，除了必须有合格的行为人主体软件外，还必须有相关的医疗设施与条件等硬件相配合，二者都是医疗活动的不可或缺的条件，缺乏硬件的配合，很难保证诊疗、预防、保健活动达到预期效果，严重时会危及到人的生命安全。如果行为人明知自己的硬件不足以保障人的生命健康安全，仍然实施医疗行为，无疑就将公民的生命与健康置于极其危险的边缘，是一种对公民极端不负责的态度，它不仅破坏了公共卫生秩序，在国家面前产生了罪过，也在广大公民面前产生了罪过，对于造成公民重大伤害甚至死亡的，有必要以非法行医罪加以论处。但相比无任何证件以及未取得医师执业证的人而言，其社会危害性与人身危险性要小，在量刑时可以适当从宽。至于行为未造成公民身体的严重损害或死亡的，只须施以行政制裁即可。
对于未取得合法的医师执业资格的人员，如果法律、法规、行政规章允许其在执业医师指导下实施一定的医疗行为，结果其行为造成了患者人身重大伤亡，该行为人的行为不成立非法行医罪。在处理时，只能以意外事件或医疗事故罪来对待。但如果非法定的未取得合法医师执业资格的人员，在执业医师的默许、同意下，从事医疗活动，情节严重时，二者可以成立非法行医罪的共犯。
〈三〉经申请取得医师执业资格的人员、退休人员、乡村医疗人员的主体资格的认定。
经申请取得医师执业资格的人员是特指在《中华人民共和国执业医师法》未颁布之前、未经医师资格考试、并按照国家有关规定取得医学专业技术职称和医学专业技术职务的人员。对该类人员，由所在机构报县级以上人民政府卫生行政部门认定，取得相应的医师资格。其中在医疗、预防、保健机构中从事医疗、预防、保健业务的医务人员，依照执业医师法规定的条件，由所在集体机构报县级以上人民政府卫生行政部门，予以注册并发给医师执业证书。也就是说，对于该类人员，虽未有执业医师资格，但只要经批准取得了医师执业证书，其行医的主体资格是合法的。
《中华人民共和国执业医师法》第19条规定：申请个体行医的执业医师，须经注册后在医疗、预防、保健机构中执业满5年，并按照国家有关规定办理审批手续，未经批准，不得行医。《医疗机构管理条理》第24条规定：任何单位或个人，未取得《医疗机构执业许可证》，不得开展诊疗活动。执业医师法第30条规定：未经批准擅自开办医疗机构行医或者非医师行医的，……构成犯罪的，依法追究刑事责任。因此，对于退休的执业医师，如果未经批准开设个体诊所或私下坐堂，情节严重的，可以以非法行医罪论处。中国女性网在2003年1月2日转载报道了一起非法行医案，行为人就是一对已退休的夫妻，二人在退休后私开诊所，购买了两台B超声波仪鉴定胎儿性别，结果被泉州市鲤城区人民法院以非法行医罪追究了刑事责任。
《中华人民共和国执业医师法》第45条规定：在乡村医疗卫生机构中向村民提供预防、保健和一般医疗服务的乡村医生，符合本法规定的，可以依法取得执业医师资格或执业助理医师资格；不具备本法规定的执业医师资格或执业助理医师资格的乡村医生，由国务院另行制定管理办法。我国目前有乡村医生91万余人，大多数在乡村医疗卫生机构，为广大农民提供了必要的医疗、保健和一般医疗服务，为农村医疗卫生保障体系的建立与完善发挥着重要作用，而他们中间有很大一部分未取得执业医师资格或执业助理医师资格，如果对他们的主体资格实行一刀切，既不符合实际，也不利于农村医疗卫生事业的发展，只要行为人在乡村从事国务院管理办法规定的预防、保健和一般医疗服务的，不以非法行医罪论处。
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