1、综合和规划财务司,负责机关日常运转,承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作;
2、政策法规司,研究药品、医疗器械和化妆品监督管理重大政策,组织起草法律法规及部门规章草案,承担规范性文件的合法性审查工作;
3、药品注册管理司,组织拟订并监督实施国家药典等药品标准、技术指导原则,拟订并实施药品注册管理制度;
4、药品监督管理司,组织拟订并依职责监督实施药品生产质量管理规范,组织拟订并指导实施经营、使用质量管理规范;
5、医疗器械注册管理司,组织拟订并监督实施医疗器械标准、分类规则、命名规则和编码规则,拟订并实施医疗器械注册管理制度;
6、医疗器械监督管理司,组织拟订并依职责监督实施医疗器械生产质量管理规范,组织拟订并指导实施经营、使用质量管理规范;
7、化妆品监督管理司,组织实施化妆品注册备案工作。组织拟订并监督实施化妆品标准、分类规则、技术指导原则;
8、科技和国际合作司,组织研究实施药品、医疗器械和化妆品审评、检查、检验的科学工具和方法,研究拟订鼓励新技术新产品的管理与服务政策;
9、人事司,承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育工作,指导相关人才队伍建设工作,承担执业药师资格管理工作。