我国针灸古籍首次明确提出禁针禁灸穴的为《针灸甲乙经》，在《针灸甲乙经•针灸禁忌第一（下）》中，共载有禁针穴13穴，分别为：神庭、上关、颅息、人迎、云门、脐中、伏兔、三阳络、复溜、承筋、然谷、乳中、鸠尾。其中，颅息、复溜、然谷三穴，属相对禁忌，要求“刺无见多血”；余穴则属绝对禁忌：“禁不可刺”。除此之外，在各经穴项下又有所补充，如石门“女子不可剌灸”、手五里“禁不可刺”、缺盆“刺太深令人逆息”等。另载禁灸穴24穴，分别为：头维、承光、脑户、风池、哑门、下关、耳门、人迎、丝竹空、承泣脊中、白环俞、乳中、石门、、气冲、渊液、经渠、鸠尾、阴市、（膝）阳关、天府、伏兔、地五会、瘛脉。其中，耳门，“耳中有脓，禁区不可灸”；下关，“耳中有干扌适，禁不可灸”；石门，“女子禁不可灸”，属相对禁忌。余穴均为“禁不可灸。”但，该书各经穴项下所载，略有出入，如耳门、瘛脉二穴，可灸三壮；而五处、心俞、素髎三穴列为禁穴。
明代《针灸大成•卷四》所载禁针穴歌介绍绝对禁针穴22个：脑户、聪（囟）会、神庭、玉枕、络却、承灵、颅息、承泣、神道、灵台、膻中、水分、神阙、会阴、横骨、气冲、箕门、手五里、三阳络、青灵。
另有一些穴位则是有条件禁忌和部位禁忌：“孕妇不宜针合谷，三阴交内亦通论；石门针灸应须忌，女子终身孕不成。外有云门并鸠尾，缺盆主客深晕生；肩井深时亦晕倒，急补三里人还平。刺中五脏胆皆死，冲阳血出投幽冥，海泉颧髎乳头上，脊间中髓伛偻形；手鱼腹陷阴股内，膝膑筋会及肾经；腋股之下各三寸，目眶关节皆通评”。
清代《针灸逢源》一书，绝对禁针穴又增加：角孙、急脉、会宗、乳中、犊鼻五穴。这样绝对禁针穴达到26穴。
另载有禁灸穴歌，介绍禁灸穴达45个之多，分别为：哑门、风府、天柱、承光、临泣、头维、丝竹空、攒竹、睛明、素髎、禾髎、迎香、颧髎、下关、人迎、天牖、天府、周荣、渊液、乳中、鸠尾、腹哀、肩贞、阳池、 中冲、少商、鱼际、经渠、地五会、阳关、脊中、隐白、漏谷、阴陵泉、条口、犊鼻、阴市、伏兔、髀关、申脉、委中、殷门、承扶、白环俞、心俞。
至清代，《针灸逢源》载脑户、耳门。禁灸穴总计为47穴。
