古代医家虽然缺乏当今的消毒概念，但在长期临床实践中已认识到对针具进行必要的处理，以去除“毒气”，减少感染发生。如《针灸大成？卷四》曾作详细介绍：“先将铁丝于火中炼红……次以蟾酥涂针上，仍入火中微炼，不可令红，取起，照前涂酥炼三次，至第三次，乘热插入腊肉皮之里，肉之外，将后药（为麝香等十四味）以水三碗煎沸，次入针肉之内，煮至水干，倾于水中待冷，将针取出。于黄土中插百余下，色明方佳，以去火毒”。
现代对针刺消毒，是随着西方医学的传入才逐步得到重视和发展的，早在三、四十年代，已有少数针灸家开始应用酒精消毒。至五十年代，逐步提出比较完整的针刺消毒法：医者于针灸前先用洗手刷和药皂将手洗净，针具用沸水煮过或以75%浓度的酒精浸泡消毒，在针刺的部位用酒精棉球擦过，针刺出血时以消毒的棉球按压等。目前，针刺消毒的方法已经在临床上普及。为了寻求一种有效而简便的消毒措施，有的单位针对临床普遍应用75%酒精消毒和2%的新洁尔灭液消毒两种方法，进行临床研究，结果证明酒精棉球擦拭消毒是一种简便而又有较好减菌效果的方法，而新洁尔灭溶液则不够理想。
针刺消毒，应包括针具、被针穴位和医者手指。未经很好消毒的针或针刺前皮肤准备不当可带进感染包括血清性肝炎。其中，针具最为关键，携带有大量细菌和病毒，消毒不严，即可植入体内。
（一）、针具消毒 针具用后即应消毒，暂时不用的针具也应定期高压消毒，夏天3天，冬天1周，没有高压消毒的针绝对不用。高压消毒：一般应采用高压消毒。具体方法是：将毫针、体穴或耳穴用的埋针针具等用具用特制的金属消毒盒装盛后，放在高压蒸气锅内，于15镑汽压，120℃高温下，保持15min以上。每根消毒过的针，使用一次即须再次消毒。
煮沸消毒：在条件不具备情况下，可将针具置于净水锅内，煮沸后再煮15min以上。一般可在此水中加入重碳酸钠，使成2%的溶液，可提高沸点至120℃，并能减低沸水对针具的腐蚀作用。另外玻璃罐具也可用此法消毒。
酒精消毒：在应急的情况下，采用75%酒精浸泡20～30min.另外，对一些不宜用高压或煮沸消毒的针具如皮肤针，也可用酒精浸泡消毒。
近年，海外和国内的不少地区已推广使用由工厂采用环氧乙烷消毒过的一次性针灸针。穴位注射用的针具必须使用一次性针具。
（二）、术者手指消毒 术者的指甲应每天修剪，术前用肥皂认真清洗，用酒精棉球擦拭消毒，不宜使用新洁尔灭溶液擦拭方法。先用左手持镊夹住酒精棉球，自指尖向下擦拭至根部，换一棉球再依次用此法消毒其余部分。待酒精蒸发干后，右手持酒精棉球消毒左侧手指。再用干净镊子挟针柄取针，并用无菌棉球裹住针身，押手（左手）食指或中指稍重压于穴位旁，2寸以下的针用推刺法，即右手大拇指、食指持针柄，中指端压在押手指的对侧，并以指腹抵住棉球裹针身之下段，右手拇、食二指用力向下将针刺入适当深度。2寸以上的针用剁刺法，即左手、拇食二指压在穴位二侧并稍崩紧，右手持裹棉球的针下端，露出针锋2～3分，对准穴位刺入适当深度，再按要求行针，出针。
（三）、穴位消毒 皮肤消毒应用止血钳挟持酒精棉球，禁止用手握一个棉球从上擦到下，因为这不仅达不到消毒的目的，相反造成了细菌的传播，待酒精干后再开始进针。每一穴位，用一个酒精棉球消毒，棉球不可太干或太湿，亦不可撕开再用。更不要一个棉球消毒数个穴位。有人主张一般直径在1.5cm的酒精棉球最多分三面消毒三个穴位。消毒时，注意将棉球由内向外绕圈擦拭。消毒后，应等到酒精蒸发后才可施针。取针后，可用一较干之酒精棉球或高温消毒过的干棉球按压针孔。在关节、眼眶、耳廓及有毛发之处，以及用于穴位注射的穴位，消毒更应严格。可先用2%的碘酒涂擦穴区局部皮肤，再用75%的酒精脱碘，即用酒精棉球由内向外擦去碘酒。
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