在工程款纠纷案件中，有的案件跨越时间长久，即便是时间跨越时间相对较短，也容易超过诉讼时效的两年的规定，承包人的施工权益将受到极大损害。根据《民法通则》规定，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。一般情况下最长不超过从权利被侵害之日起20年，但是有特殊情况也可以延长。所以，诉讼时效的起算时间将成为当事人的诉讼案件是否能够胜诉关键。要准确把握建设工程施工合同纠纷中诉讼时效的起算时间，实质上就是要确定发包人向承包人付款的具体时间。换而言之，当承包人知道或者应当知道发包人向其支付工程款的具体时间，从法律上讲承包人也就知道了其权利被侵害的具体时间，其索要工程款的诉讼时效的起算时间也就随之而定。
司法实践中如何确定发包人向承包人支付工程款的具体时间，并非那么简单。如典型案例广西省高级人民法院审理的广西壮族自治区河池市建筑工程公司诉中国农业银行罗成仫佬县支行建设合同案中法院的裁判规则如下：发包人农行罗成支行与河池建筑公司签订的《建设工程施工合同协议》明确约定：工程竣工验收后，河池建筑公司（编制资料）→→农行罗城支行（复查20日）→→建设银行（核准）；核准完成后，农行罗城支行（20日内支付工程款）→→河池建筑公司。本案中，发包人并未按照上述约定将承包人的编制资料提交建设银行核准，致使发包人对承包人的具体付款时间无法确定，诉讼时效期间也无法起算。
再如青海省高级人民法院审理青海国粮城东粮油综合贸易有限公司与西宁兴禾工贸有限公司建设工程施工合同纠纷上诉案中，法院裁判规则如下：建设工程款履行期限不明确，承包人可以依照《民法通则》第88条第2款、《合同法》第62条第（四）向的规定随时向发包人索要工程款，但承包人必须给发包人必要的准备时间，并从承包人给予发包人清偿债务的宽限期满时开始计算时效。
再次，建设工程施工合同无效的法定情形诸多，之前已有详述在此不再赘述。如云南省高级人民法院在审理文山州建达工程有限公司等与周某建设工程施工合同纠纷上诉案的裁判规则如下：由于无效合同的无效状态一直在持续，同时无效的合同与法律、行政法规的禁止性规定相违背，故无效合同的确认不应受诉讼时效的限制。当事人请求支付工程款的权利实质上是请求对无法返还的财产折价补偿的权利，而该权利自合同无效时就享有，而不是合同被确认无效时才拥有。但是，合同被确认无效后，当事人折价补偿的权利被转换成一种普通的债权请求权，应当适用诉讼时效的规定，起算时间从合同被确认无效后次日起开始计算。应当说，本案主要从《合同法》关于合同无效的法律后果出发，对建设工程施工合同纠纷中涉及无效合同时当事人请求支付工程款的诉讼时效起算时间进行了详细的法理阐述，具有良好的审判指导意义，对司法实践有重要作用。
常见的纠纷类型还包括质量保证金的退还问题也涉及诉讼时效的起算问题。实际上，质量保证金是工程款的一部分，同时其又具有担保功能，以约定的缺陷责任期的工程是否缺陷以及缺陷大小来确定该保证金是否返还以及返还比例。《建设工程质量管理条例》第40条规定，建设工程的保修期，自竣工验收合格之日起开始计算。但是关于请求支付保修期的诉讼时效并非自竣工验收合格之日起开始计算，因为还要加上法律规定的保修期间，才能确定保修期的诉讼时效的起算时间。
事实上，诉讼时效制度是各国民事法律中普遍存在的一项基本制度，其基本价值在于“确保交易之安全，维持社会秩序”。“法律不保护躺在权利上睡觉的人”，不仅是建设工程施工合同纠纷，其他民事纠纷都应当把握好诉讼时效这道关，不要让当事人失去了胜诉权或者诉讼时效的抗辩权。
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