首先，在拆迁补偿中要注意区分违章建筑和建筑使用的材料。根据我国《城市房屋拆迁管理条例》第二十二条规定：“拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿；拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。违章建筑人对违章建筑使用的材料享有合法的财产权。因此，拆迁人在拆除违章建筑时依法不给予补偿，并不意味着对拆除违章建筑使用的材料也不给予补偿。
其次，在拆迁补偿中，要注意区分违章建筑和建筑范围内的土地使用权。违章建筑按照有无土地适用权的标准基本上可以分为两类：一类是取得土地使用权的违章建筑，一类是未取得土地使用权的违章建筑。如果违章建筑具有合法的土地使用权，即使在拆迁时不就拆除违章建筑本身补偿违章建筑人，也必须考虑土地使用权对违章建筑人的财产利益。如果土地使用权是通过划拨方式得来的，拆迁人可以不补偿使用该土地的违章建筑人；但是如果土地使用权是通过出让方式得来，违法建筑人缴足了土地出让金但出让年限还未到期时，拆迁人应当就拆除违章建筑给违章建筑人造成的土地使用收益的损失予以适当补偿。
再次，在拆迁补偿中，要注意区分违章建筑和建筑内的财产。违章建筑内的财产可以独立于违章建筑存在，系违章建筑人的合法财产，依法应当受到保护。拆迁人在拆除违章建筑的过程中，不得侵犯违章建筑人的违章建筑内的合法财产权益，否则应当承担法律责任。
另外，在拆迁补偿中，要注意区分拆迁补偿款和拆迁补助费。虽然我国《城市拆迁管理条例》明确规定：拆除违章建筑不予补偿，但是这只能说明违章建筑人不能获得拆迁补偿款，拆迁人仍要依法向违章建筑人支付拆迁补助费。拆迁补助费包括搬迁补助费和临时安置补助费等其它费用。拆迁人不得因违章建筑拒绝向违章建筑人支付搬迁补助费和临时安置补助费等费拆迁补助费的请求。
拆迁补偿是指拆迁人依法拆迁，应当给付被拆迁人和房屋承租人的补偿；拆迁赔偿是指拆迁人在拆迁过程中，由于拆迁程序和手段违法，侵害了被拆迁人和房屋承租人的合法权益时应当依法赔偿损失。本文的拆迁赔偿仅限于讨论对违章建筑人的拆迁赔偿。
最后，在拆迁补偿中，要注意转化的违章建筑的特殊情况。所谓转化的违章建筑，主要是指因为超过批准期限，由临时建筑转化成的违章建筑。转化的违章建筑和批准期限内的临时建筑的区分点就是批准期末，批准期初至批准期末为合法建筑，超过批准期末，仍未拆除的，为违章建筑。笔者认为，并非所有的转化的违章建筑，在拆除时，都不予补偿。如果存在以下两种情况：(一)不可抗力阻碍临时建筑在批准期限内拆除的；(二)临时建筑不被拆除是为了保护另外一个更大的利益，致使超过批准期限仍未拆除的。在这两种情况下，拆迁人拆除违章建筑时，应当按照国家或者地方的标准补偿违章建筑人。
比如，违章建筑的承租人履行了一般情况下的注意义务，仍然对其承租的房屋系违章建筑不知情，拆迁人如果拆除该违章建筑，应当依法对该房屋承租人补偿安置。从法理的角度分析，任何人不应当由于第三人的原因丧失其合法权益。拆迁人不能由于违章建筑人的过错拒绝对对违章建筑使用人补偿安置。
