隐性菌血症常伴有上呼吸道感染，咽炎或有发热；但只有上述一种主诉者的病儿为数甚少。
诊断依靠血液的细菌培养，故当初次诊察病儿时，无确切的方法作出明确诊断。培养通常需要24～48小时才会出现阳性，标本常被皮肤细菌所污染。目前所用的方法，如红细胞沉降率，C反应蛋白，对于临床诊断尚未达到足够敏感。
非特异性试验可以帮助确定某一特定小儿患菌血症的危险性。大多数菌血症小儿白细胞升高，因此白细胞计数是比较敏感的指标，但是，只有10%左右的病儿白细胞计数＞15X109/L（15000/μl），因此特异性较差。急性反应因子，如血沉，C反应蛋白只有微弱的意义，尿液检查每个高倍镜视野的白细胞不足5个，而且缺少亚硝酸盐和白细胞酯酶，则有助于排除尿路感染。危险因素，例如年龄为1～24个月，体温在38.5℃以上，白细胞计数升高超过15000/μl，杆状核超过5000/μl及尿检异常，综合考虑可能对诊断有帮助，但最多只能对10%～25%的菌血症婴儿作出诊断，已有各种临床评分法，比如罗切斯特（Rochester）标准，适用于对婴儿严重细菌感染低度危险的评估。
隐性菌血症应与脓毒血症，新生儿脓毒血症和败血症休克相鉴别（对于这些疾病的讨论，可参见第156节及第260节新生儿感染中新生儿脓毒血症和新生儿脑膜炎）。
