医师在给患者使用抗菌药时，首先须证明患者确实存在感染，所以尽早确立感染性疾病的病原诊断尤为重要。开始用药前医师先采用相关标本分离病原菌，并进行药敏试验。危重感染患者在标本送验后立即接受经验治疗。
患者的感染原经确定后，医师要根据药物的抗菌谱、药代动力学特点、适应证、不良反应等结合药源、价格因素，给患者选用抗菌药物。
医师还须按照患者（如新生儿、老年、妊娠妇女、哺乳妇女、肝、肾功能减退者等）的生理、病理状态合理用药。对于抗菌药的预防用药、局部用药、联合用药情况，医师要严加控制，如果患者出现病毒性上呼吸道感染、发热原因未查明等情况，应禁用抗菌药。
医师在给患者处方抗菌药时，还须制定适当的给药方案、剂量和疗程，并采用综合性治疗措施。
医师应根据病原菌种类、感染部位、感染严重程度、患者机体情况等制订给药方案，包括抗菌药的品种选择、剂量、给药次数、给药途径、疗程等。
医师根据病原菌种类及细菌药敏结果（或当地细菌耐药性监测结果），结合感染病情
医师须按各种抗菌药的常用治疗剂量范围用药。治疗重症感染（如败血症、感染性心内膜炎等）和抗菌药不易到达部位（如中枢神经系统）的感染，剂量宜较大（用最大治疗剂量）；治疗单纯性下尿路感染时，由于多数药物尿药浓度远高于血药浓度，则可用较小剂量（用最小治疗剂量）。
医师在给患者使用氨基糖苷类、氟喹诺酮类等浓度依赖性抗菌药时，给药间隔时间可以较长，每日给药次数可较少（1～2次）。而对于β内酰胺类、大环内酯类等时间依赖性抗菌药而言，给药间隔时间宜较短，需一日多次给药。
口服给药：轻、中度感染患者，应采用口服吸收完全、生物利用度高（60%～90%）的药物，常用药如多西环素、米诺环素、氯霉素、利福平、克林霉素、头孢氨苄、头孢拉定、阿莫西林、甲硝唑、氟康唑、左氧氟沙星等。
肌注给药：肌注给药适用于中等感染患者。医师在临床实践中应注意某些药物局部刺激性较强，并可在局部形成硬结影响药物吸收。四环素盐酸盐、红霉素乳糖酸盐、万古霉素、两性霉素B等均不宜肌注。
急性感染患者在接受抗菌药治疗时，通常宜用至体温正常、症状消退后3～4天；感染性心内膜炎患者须用杀菌剂治疗4～6周或更长；伤寒患者在热退后继续用药7～10天；布鲁菌病患者需要治疗6周以上，有的患者须用多个疗程；溶血性链球菌性咽炎或扁桃体炎患者用青霉素治疗，疗程不宜少于10天，以防止或减少风湿热发生；流脑、流感杆菌脑膜炎患者的疗程为1周；李斯特菌、B组链球菌、革兰阴性杆菌脑膜炎患者的疗程为2～3周；肺炎链球菌肺炎患者用药至热退后3～5天；革兰阴性杆菌、葡萄球菌肺炎患者的疗程为3～4周；军团菌、支原体、衣原体肺炎患者的疗程为2～3周；单纯性膀胱炎患者的疗程为3～5天；急性肾盂肾炎患者的疗程为2周，反复发作上尿路感染者可延长至4～6周；急性前列腺炎患者的疗程为10天，慢性感染者治疗1～3个月。
两种抗菌药物联合应用后可能出现以下四种结果，可用数字表示如下：
协同作用：1+1>2，即两种药物联合应用后的抗菌作用优于两者之和；相加作用：1+1=2，即两种药物联合后的抗菌作用为两者之和；无关作用：1+1=1，即两种药物联合后的抗菌作用与其中的一种相同；拮抗作用：1+1<1，即两种药物联合后的抗菌作用小于其中任何一种药。联合用药的目的是获得协同作用或相加作用，避免无关作用或拮抗作用。
为使抗菌药物联合应用后在体内达到协同作用，采用的药物应具备下列条件：①抗菌谱应尽可能广，这对病原菌未查明的严重感染尤为重要。②联合应用的两药中，至少一种对病原菌具良好活性，另一种也不宜为病原菌对其高度耐药的药物。③病原菌对两药无交叉耐药性，联合药敏试验呈协同或相加作用。④两药具有相似的药代动力学特性，用药后两者的体内过程同步进行，以利于发挥协同作用。
①病原未查明的严重感染；②单一抗菌药物不能控制的严重感染；③单一抗菌药物不能有效控制的混合感染；④须长期用药，细菌可能产生耐药的感染，如结核病；⑤联合用药使毒性较大药物的剂量得以减少，如两性霉素B与氟胞嘧啶联合治疗时抗真菌活性加强，使两性霉素B的剂量可相应减少，并使毒性反应减轻，有利于顺利完成疗程。
