股权转让合同的生效只是确定了转让方与受让方之间的权利和义务关系，股权的实际转让还有赖于对合同的实际履行。股权的实际转让就是股权的交付，股权转让合同生效后，当事人可能依约履行，转让方交付股权，接受价款；受让方支付价款，接受股权。也可能因一方或双方违反合同的约定，导致股权转让合同生效而未实际履行的状态。受让方享有交付股权和违约赔偿的请求权，转让方享有协助履行和违约赔偿的请求权。股权是权利、义务的综合体，对于财产结构和经营效果都不错的公司，股权受让意味着可以获得更多的利益，反之，则意味着要承担更多的风险和责任，特别是股东出资不到位、虚假出资、抽逃资金和公司资不抵债时。
股权转让合同的履行，转让方的主要义务是向受让方移交股权，具体体现为将股权转让的事实及请求公司办理变更登记手续的意思正式以书面方式通知公司的行为。转让方与受让方权利的交接点是从该通知行为完成之时起。公司股东名册变更登记前，受让股权的新股东对其股权的处分权受到一定的限制，新股东对外宣称其为公司股东，应以公司向其发放的股票或出资证明或者股东名册的登记为依据。而受让方的主要义务则是按照约定向转让方支付转让价款。根据《公司法》第三十六条和第一百四十五条规定，将股权转让结果记载于股东名册、修改公司章程、工商登记变更等事项是公司的义务。公司董事负有及时办理的义务，公司的其他股东负有配合、协助的义务。公司未及时履行义务的，受让人可以起诉公司，公司应承担相应的责任。但公司没有义务去监督或判定转让合同约定的其他义务的履行情况。转让方在履行通知义务后，除有特别约定外，转让方的主要义务履行完毕，至于公司及其他股东采取什么样的态度和行动，往往不在转让方的控制之中。受让方不能正常取得股东身份或行使股东权利，转让方对此没有过错的，就不用承担因此而产生的后果，因而发生纠纷，人民法院在司法实践中一般也不支持受让方以上述理由要求解除合同的请求。公司怠于或拒绝履行义务使受让方不能正常取得股东身份或行使股东权利的，受让方的权利可以通过起诉公司或董事得到法律救济。法院可判令公司或董事履行法律规定的义务，排除对股东行使权利的妨碍。
股权交付包括股权权属变更和股权权能移转。有限公司的出资证明书以及股份有限公司的股票都是股东权属的证明形式，这是股权转让合同生效并得到履行的一个记载。权能的移转是指股东对参与公司管理的共益权和分配公司盈利的自益权等各种权利的实际行使。权属变更的价值在于法律对股权的认定和法律风险的防范。权能移转的价值则在于股东投资的财产利益和其它权益的实际行使。权属变更比权能移转更重要，因为权能的行使没有权属的支持，则缺乏其正当性。实践中，权属变更而没有移转权能或移转了权能而没有办理权属变更的情况时常发生，这就给股权转让纠纷的产生埋下了祸根。因此，股权转让合同应对权属变更和权能移转做出明确约定。
受让方在交易的过程中可能不履行或不完全履行支付股权转让价款的义务，为了防范受让方不履行支付股权转让价款的风险，股权转让合同应明确约定定金罚则或违约赔偿的范围、违约赔偿的计算方法，转让方也可要求受让方做出保证或提供担保，以维护自身的合法权益。
