庭审进入辩论程序后，案件双方主要围绕万方数据是否侵权进行了辩论。一位原告方代理律师认为，涉诉的10个案件的博士或硕士学位论文的著作权分别归属10位原告人，他们对涉案学位论文享有著作权。万方数据未经作者许可，即擅自将涉案学位论文收录入其制作的《中国学位论文全文数据库》（以下简称“数据库”），并将数据库出售给高等院校图书馆等用户，数据库用户则在其局域网内提供在线浏览或者下载全文的服务，万方数据此举已侵犯了作者对学位论文所享有的著作权。
被告方万方数据则认为，他们并没有将原告作品作为一件纯粹意义上的产品进行完全商业化营销，《中国学位论文全文数据库》的服务对象是高校、科研院所图书馆以及其他公共图书馆，仅在各单位局域网内部提供服务。这种使用的目的是促进科学研究成果早日公开，带有明显的公益性目的。被告表示，在向各用户提供服务时仅仅收取成本费，并没有牟取利益，因此不应判定为侵权。
李孝霖律师在接受记者采访时指出，公益性与否不能成为判断侵权与否的标准，即便是公益性行为，也不代表就可以随意侵犯他人著作权。
本案原告方的另一位代理律师是中国人民大学研究生院副院长、知识产权法博士生导师刘春田教授，他在接受记者采访时表示，硕士、博士的学位论文均要花费大量的时间写作，尤其是一些博士论文，具有很大的开发潜力，有可能创造出很大的经济价值。
鉴于此，原告的代理律师在要求万方数据立即停止侵权的同时，综合考虑稿费、被告使用时间（有的论文已经被使用3年）、稿酬滞付费等因素，提出了按照千字100元的标准对各位原告进行经济赔偿的要求。对于此，被告方万方数据认为，即使自己真的被判侵权，原告所提的赔偿标准也过高。另外，原告表示，他们以往在对论文付稿酬的时候，是以篇计算的，比如博士论文每篇380元。
继去年有关媒体公开报道法院判决六博士学位论文版权案胜诉获赔后，遭遇同样境况的大量硕士、博士、博士后再次掀起维权高潮，矛头直指万方数据涉嫌侵犯其学位论文著作权。截至2008年1月，起诉的人数已达到500余人。据悉，该数字可能继续上升。多位法律界人士表示，无论案件审理结果如何，如此规模的“海量诉讼”都有其典型意义，反映出当前我国民众的知识产权意识已经从知识分子阶层开始觉醒
