中医外科到明清时期已较为成熟，外科专著增多，并形成了不同的学术流派。如明·薛己著的《外科枢要》，记载了有关外科病的理论、经验、方药，第一次详细叙述了对新生儿破伤风的诊治。汪机的《外科理例》提出了“治外必本诸内”的思想，在序中指出：“外科者，以其痈疽疮疡皆见于外，故以外科名之，然外科必本于内，知乎内，以求乎外，其如视诸掌乎。”并创制玉真散治疗破伤风。其他还有王肯堂韵《疡科准绳》、申斗垣的《外科启玄》、陈文治的《疡科选粹》、窦梦麟的《疮疡经验全书》、张景岳的《外科钤》等均有特色。
陈司成的《霉疮秘录》是我国第一部论述梅毒的专著，指出此病多由性交传染，且会通过胎传感染形成先天性梅毒，主张用丹砂、雄黄等含砷药物治疗，是世界上最早使用砷剂治疗梅毒的记载。此期以陈实功的{外科正宗}成就最大，该书广辑病名，详述病因病机、证候、辨证、治疗、预后等，并附医案加以论证，条理清晰，十分完备，自唐代到明代的外科治法，大多都有收录旷后人有“列证最详，论治最精”的评价，影响巨大，经后人加以继承发展而形成了中医外科的一大学派——正宗派。从学术思想来看，该书重视脾胃，主张外科以调理脾胃为要。其主要成就以外治和手术方面比较突出，他用腐蚀药或刀针清除坏死组织，放通脓管，使毒外泄。手术方法记载有14种，如创制鼻痔的摘除工具、腹腔穿刺排脓术、指关节离断术等都很有实用价值。倡导脓成切开，位置宜下，切口够大，腐肉不脱则割，肉芽过长则剪，这些有效方法沿用至今。清代学术上独树一帜、影响较大的有王维德的《外科全生集》，该书创立了以阴阳为主的辨证论治法则，所谓“凭经治症，天下皆然；分别阴阳，唯余一家”。把复杂的外科分为阴阳两类，如痈阳、疽阴等。主张以“阳和通腠，温补气血”的原则治疗阴证，自拟阳和汤、醒消丸、小金丹、犀黄丸等，临床疗效颇好。并主张“以消为贵，以托为畏。反对滥用刀针。其学术观点被许克昌《外科证治全书》等所宗，形成了中医外科的又一大学派——全生派。高锦庭的《疡科心得集》揭示了外科病因的一般规律，立论以鉴别诊断为主，并将温病三焦辨证学说融合于疡科的辨证施治之中，认为”疡科之证，在上部者俱属风温、风热，在中部者多属气郁、火郁，在下部者俱属湿火、湿热“。应用犀角地黄汤、紫雪丹、至宝丹等治疗疗疮走黄，至今还在临床应用。后人宗高氏学术思想及以心得形式论述外科疾病，而形成了中医外科的又一大学派——心得派。余听鸿的《外证医案汇编》即属此派。陈士铎的《外科秘录》、顾世澄的《疡医大全》等亦各有特点。此外，吴师机的《理瀹骈文》专述药膏的外治法，总结了不少治疗学上的新成就。近代张山雷于1927年所著的《疡科纲要》，内容简要，立论、辨证、用药均有特色，对外科发展有一定的影响。
中华人民共和国成立后，中医外科进入了一个历史发展新阶段。在教学、临床、科研等方面都取得了显著成就。1954年首先在北京成立了中医研究院，以后各省、市先后成立了中医药研究院（所）。为培养中医人才，1956年起各省、市相继成立了中医学院，一批著名的中医外科专家到中医学院任教，对历史上外科医家的学术经验进行全面、系统的教授，从根本上改变了传统的师承家授的培养方法。为适应教育需要，1960年中医研究院编著《中医外科简编》，1960年、1964年、1983年、1997年上海中医学院先后4次主编了《中医外科学》教材，1980年广州中医学院主编了中医专业用的-《外科学》，均作为全国中医学院外科教学的统一教材，部分中医院校也相继编著了不同层次（包括自学考试）各具特色的《中医外科学》教材，使学生能系统地学习和掌握中医外科学的理论知识，为培养中医外科人才打下了良好的基础。同时还编著出版和重印了大量的中医外科学专著，不断交流全国各地中医外科学的学术经验与成就，使中医外科学的理论和经验得到较快普及与提高。在全国各市、县都先后开办了中医医院，在这些医院里大多设有中医外科，因而使外科疾病的诊疗和临床研究取得了一批成果。如中医研究院西苑医院等单位治疗颈、腋淋巴结结核，天津疮疡研究所用去腐生肌法治疗慢性窦道等，于1982年及1986年分别获得乙级科技成果奖；河北省新乐县骨髓炎医院采用内服药物结合手术摘除死骨的方法治疗骨髓炎，治愈率达95%.
1987年获国家重大科技成果奖的烧伤膏，为全国医学界瞩目。用于治疗血栓闭塞性脉管炎的“通塞脉”、“清脉791”，注射治疗各期内痔均有效的“消痔灵”注射液，治疗多种皮肤病的“五妙水仙膏”等，都先后获得国家科技进步奖或卫生部科技成果奖。中西医结合治疗系统性红斑狼疮、硬皮病、毒蛇咬伤等，也都取得了很大的成绩。近年来，对男性病的临床研究蓬勃兴起，开拓了男性病治疗的前景。电子计算机在中医临床运用中的研究，为整理外科医著、总结外科经验，提供了有利的条件。
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