科学是人类的认识活动，是“以范畴、定理、定律形式反映现实世界多种现象的本质和运动规律的知识体系。”无数次的临床实践证明，中医学确实以范畴、定理、定律的形式把握了人体生命的某些真理、规律，是普遍的，重复有效的。从这个实际出发，没有理由否认中医学是科学。
那些不承认中医是科学的人们，是被成就辉煌、威震寰宇的西方现代科学蒙住了眼睛，在科学观上陷入了误区。他们把产生于西方的近现代科学当作衡量一切认识的标准，而不是把是否获得了理论形态的真理当作认识的标准，从而犯了从原则出发而不是从实际出发的错误。这样做的结果，将使科学僵化、狭隘化，实际是把西方科学取得的成就变成限制科学发展的锁链。
这里有两个界限应当划清，一是要把科学和科学的具体形态区别开，一是要把科学和科学方法区别开。就科学的形态而言，从历史上看，有古代、近代、现代之分。不可因为古代科学具有朴素性，就不承认是科学。试想，二百年后再回眸今天，所谓现代科学也不过是小学生的作业而已。关键是，要看它是否具备了科学的基本要素，是不是推进了对世界真实性、规律性的认识，有没有向前发展的生命力。
另外，必须承认科学，包括基础自然科学，有不同的流派，不同的风格，不同的认识取向。世界是复杂的，即使在有限的时空范围内，也具有无限的多样性、层面性和可能性。这就决定了人类的科学学说可能而且应当产生众多的大大小小的流派和风格。即使在同一学科内，也会产生不同的知识体系。无论是哪一家，无论产生在什么地方，只要它以理论的形式揭示了世界某一方面的本质和规律，就应当承认它属于科学的范畴，而不应当以任何理由加以排斥。
至于科学方法则完全是为科学认识服务的，是从属于科学的。如果以是否采用了某种科学方法来判定是不是科学，那就是本末倒置，以客压主。西方近代以来，物理学和化学取得了巨大成就，于是造成了一种模糊观念，似乎任何科学都必须与近代物理学化学的方法联系在一起。没有采用它们的方法，如控制边界条件的实验方法、数学方法、逻辑方法等，就不是科学。有人甚至由此引申出一系列更加具体的规则、条件和特征，来框定科学，实际上是以某一特殊领域的特殊认识活动来替代或限制所有的认识活动。西方科学哲学中的历史主义学派，如汉森、库恩等人，也否认科学方法规则的绝对性、永恒性，认为构成科学合理性的规则会随时间和文化而改变。
依照关系决定论和辩证哲学，事物的属性取决于事物之间建立何种对立统一关系。事物之间发生什么样的关系，事物就会相应显示什么样的属性。
相对论和量子力学证明，科学的具体形态，包括科学采用的方法和科学认识的结果，归根结底由认识主体和认识客体建立何种耦合关系来决定。由于世界具有无限的多样性、复杂性和可能性，认识对象究竟呈现给人什么性质和特征，与认识主体所应用的概念体系，参照系和认识手段有密切关系。所以，认识主体选取的认识层面不同，主体与客体确立的关系不同，认识主体采用的科学方法就会相应不同，其所产生的知识体系也会有相应不同的形态。
因此，那种认为对同一世界、同一客体只能产生一种形态的科学知识体系的想法是不符合实际的。中西医学既有本质差别，同时又都是关于人身生命的科学知识体系。产生这种“奇异”现象的根源就在这里。
很多人以“科学无国界”为理由，否认在西方科学之外还有别的科学，认为科学只能是一元的。这是个大误会。对“科学无国界”说，应有正确理解：科学可以直接用来发展生产，帮助人们适应和改善自然环境而不涉及民族情感，所以在传播和应用上比较容易被各国各民族接受。而且，你可以研究，我也可以研究。仅此而已。
科学认识的目的是获得不以人的意志为转移的客观真理，这一点是统一的，不变的。但是，科学认识的走向却受到国家民族文化传统的深刻影响和制约。所谓文化传统包括思维方式、哲学、宗教、伦理、美学等。因此，自然科学从来就离不开人文学术。具有不同文化传统的民族与地域，会造就不同的科学家和形态各异的科学史。中西两种医学体系的并峙分流，就是有力的证明。
面对茫茫宇宙，中国人着眼于时间的流动和延续，把对时间的体察看得重于对空间的度量。中国人尊重和热爱生命，推己及物，视天地万物为有生命的存在，视自然界为生命的不断的演育过程。中国人立足于自然的整体。自然整体是生命的基本特征，自然整体和生命的主要存在形式是时间。而时间一维且不可分割，故重视生命和着眼时间又加强了中国人的自然整体观念。中国人很早就认识到生命整体的内部以及生命整体与外部环境之间存在着相需互依、和谐严整的联系。对这些联系的破坏，将意味着生命的完结和时间的中断。因此，中国人推崇天人合一的心境和处事原则，主张人心合于天心，自我融入宇宙，泯除主客对立，反对因人欲的膨胀而损害宇宙生命包括人类自身和人类社会的和谐。对待人和万物，道家提倡“任性”，儒家主张“尽性”，做法虽有不同，但都是希望其天赋本性能够自由、充分、全面地展现。人和万物在同一时间之舟中共存共荣，这是中国人至高的生命伦理观。
自然整体观和广义生命观促使中国人着重事物的功能和关系。功能支配形体，是生命之本。没有了功能就失去了生命，形体也随之散解，所以功能重于形体。而功能又通过一定的关系得以显示，并受关系的制约。由关系组成的结构和结构关系的协调，是维系整体的前提。中国人认为，对于生命的存在和延续最重要的关系是阴阳，阴阳关系最主要的体现是四时和雌雄。在四时、五材（才）和五方的基础上又创立了五行系统，五行的反馈自调机制被视作维持一般整体平衡的功能结构模型。
功能有其承担者，结构关系的实现也有其介质，但它们往往看不见摸不到，它们是无形之虚。然而它们是真实的本根存在，且是决定宇宙生命的关键所在。中国人将它们一律称作“气”，认为事物的自然整体功能反应和各种自然整体关系正是通过“气韵”“气象”而显现出来。事物之间各种自然整体关系的法则称作“数”，对“象”和“数”的研究就成为中国人认识天地万物的切入和关注层面。
中国人有向内的思维趋向。长期以来，通过体验、直觉和自我调控，对心性即精神做了大量研究。心学成为中国重要的传统学术。它不仅包括道德修养，行气健身，而且涉及人与世界的关系。
这样的思维方式和由此而形成的基本观念，决定了中国人创建医学和认识其他事物时，偏重综合而不是分析，直觉而不是归纳，取象比类而不是公理推演，自然整体观察而不是封闭性实验。注重研究的是万物的自然生成、演化和持续，而不是其物质构成和在空间中的展开。
因此，中医学最大的特点是，它所研究的对象始终是有思想情感的自然状态下的活人。它强调精神对生命的特殊意义和关键作用，因为精神是人体最高层次的功能。它所要着重把握的不是机体的器官实体，而是人身作为活的自然整体的功能结构关系。这自然整体功能结构关系包括与日月天时的相应，包括机体发育和生命维持的节律。
从本质上说，中医学不是直接针对病灶，而是提高人的内能、内和，不是直接祛除病因，而是“穷理尽性”“赞天地之化育”，即恢复和加强人自身具有的调节能力，调动和激发人的生命潜能，从而实现自我痊愈。这正是天人合一、主客相融在治疗学上的体现。
西方文化，刚好与中国文化形成左右对称的优美格局。他们在传统上视空间重于时间，把世界看作物理的世界。时间性虚，空间性实；时间的本质趋向综合与整体，空间的本质趋向分解与对立；时间只能共享，空间则可以由强者去切割和占有。与此相关，西方人喜爱分析，侧重研究事物的有形实体和物质构成，在群体中强调个体的独立价值，在整体中注重局部的基础作用，因而喜重孤立研究和封闭实验研究。面对世界，习惯将主体与客体对立起来，同时以人作为万物的尺度，主张征服自然。西方人有向外的思维趋向，关注事物在空间中的机械运动和物理变化，因而几何学、形式逻辑和抽象思维方面很早就取得了突出成就，并对整个西方科学与文化产生了深刻影响。
综观和比较中西方的思维特征，中国属于阴性文化，西方属于阳性文化。在传统上中国人选择了以时间为主的生命时空坐标，西方人选择了以空间为主的物理时空坐标。这两种时空观贯穿了中西方两种文化的各个方面。因此在一定意义上还可以说，中国文化是时间文化，西方文化是空间文化。
正是这两种分具阴阳偏向的文化造就了两种认识论，两种不同的科学思想体系。而中西医正是这两种认识论、两种科学思想体系的集中体现。由此可以断言，在我们这个世界上，不仅文化是多元的，科学也是而且应当是多元的。对人类曾经并将继续产生重大影响的科学，至少有两个源、两个流，而不是一个源、一个流。它们一个在西方，一个在中国。简而言之，发源于古希腊的西方科学偏重分析还原，着意形质实体，目的在于征服和控制；发源于黄河、长江的中国科学偏重综合系统，着意功能虚体，目的在于尽物（人）之性，共存共荣。尽管中国式的科学技术体系与西方相比尚有时代的和规模的巨大差距，但从文化基因上看，它有存在的理由和向前发展的强大潜能，而且代表着当今科学拓展的一个重要方向。易曰：“一阴一阳之谓道。”人类文化与科学的发展规律亦如是。
