1、急性支气管炎和肺炎由乙型流感杆菌、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒等引起的支气管炎，在起病数日后即可发生剧烈咳嗽及痉咳，但痉咳后无鸡鸣样吼声，无夜间加重，全身感染中毒症状较重，肺部常有固定音，白细胞计数正常或偏高。经适当治疗后，症状在短期内即可减轻或消失。
2、支气管淋巴结结核：肿大的肺门淋巴结压迫气管、支气管，或侵蚀支气管壁，可引起痉挛性咳嗽，但无鸡鸣样回声、无日轻夜重现象。可根据结核病中毒症状、结核菌素试验、肺部X线改变等做出诊断。
3、气管支气管异物：可突然发生阵发性痉咳，有异物吸入史，白细胞不增高，X线可见节段性肺不张，做支气管镜检查可发现异物。
4.百日咳综合征：在普遍进行百日咳预防免疫的人群中，仍可有散发的类似“百日咳”病例出现。常分离出腺病毒、其他呼吸道病毒、肺炎支原体和副百日咳杆菌等，而无百日咳杆菌。其临床症状、肺部X线表现和血象所见，与典型百日咳有相似之处，需靠病原学检查鉴别。衣原体感染可有类似百日咳样咳嗽，但无鸡鸣样回声。副百日咳杆菌引起者症状轻，病程短。树图思维导图|搜集整理
1、血常规检查发病早期外周血白细胞计数升高，痉咳期最为明显，常为（20～50）×109/L，其中以淋巴细胞为主，一般>60%，亦有高达>90%者，多为成熟的小淋巴细胞，是因淋巴细胞促进因子促使脾及其他淋巴器官释放至血的淋巴细胞增加，并使血中淋巴细胞进入毛细血管及淋巴管减少。有继发感染时中性粒细胞增高。
2、细菌学检查
（1）细菌培养：发病早期采用鼻咽拭子或咳碟法培养阳性率较高，发病第1周可达90%左右，以后逐渐降低，至第4周阳性率只有2%.鼻咽拭子法：是用棉拭子经鼻腔进人，取鼻咽部分泌物接种于培养皿中。咳碟法：当患者咳嗽时用含血培养基平皿置于距患者口部5～10cm处，待飞沫人平皿内，立即将咳碟送37℃温箱培养，目前认为鼻咽拭培养法优于咳碟法。
（2）单克隆抗体菌落印迹试验：用抗百日咳杆菌LPs和FHA单克隆抗体菌落印迹试验检测待检标本，与二者均呈阳性斑点反应者为百日咳杆菌。此法快速，48h可出结果，敏感性高，可用于早期诊断。
（3）荧光抗体法：用鼻咽拭分泌物涂片，或鼻腔黏膜压片，以荧光抗体染色检测特异抗原，在早期阳性率达75%～85%可协助诊断，但要注意有假阳性。
3、血清学检查留取急性期和恢复期双份血清。用血凝抑制试验或补体结合试验方法，检测特异性抗体，主要用于回顾性诊断或不典型病例的辅助诊断；酶联免疫吸附试验可以测定百日咳特异性IgM、IgG、IgA抗体作为早期诊断的依据，对细菌培养阴性者更有意义。
4、分子生物学检测用PCR检测患者鼻咽分泌物百日咳杆菌DNA，具有快速、敏感、特异的诊断价值。
5、嘌呤环化酶（AC）活性检测此法最大的优点是快速，且阳性率高，用于早期诊断有较大前途。异性抗体，主要用于回顾性诊断或不典型病例的辅助诊断；酶联免疫吸附试验可以测定百日咳特异性IgM、IgG、IgA抗体作为早期诊断的依据，对细菌培养阴性者更有意义。
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