对于无效合同是否适用诉讼时效的问题，在司法理论界和实务界存在不同的观点，即使最高院在关于无效合同是否适用诉讼时效的问题上，也出现了两个截然相反的典型案例。最高人民法院（2005）民一终字第104号案例是最高院认定无效合同不适用诉讼时效的典型判例;但是在最高院（2003）民二终字第38号案件的判决中，却确立无效合同仍然受诉讼时效限制的典型判例。这两个判例均出自于最高人民法院，但是认定的结果却截然不同，说明即使最高院在无效合同的诉讼时效问题上仍然存在很大的争议。
在最高人民法院民二庭负责人就《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》答记者问中，最高院就无效合同的诉讼时效问题作了如下解释：
无效合同所涉请求权的诉讼时效问题的确是司法实务中急需规定的问题，但由于在讨论过程中，关于诉讼时效起算点的问题争议颇大，未形成倾向性意见，故最高人民法院审委会决定对该问题暂不予以规定，待进一步研究。
在无效合同法律关系中，主要有确认合同无效请求权、返还财产请求权、赔偿损失请求权三种请求权。在司法实务中，主要涉及两类诉讼时效问题：第一，上述请求权是否适用诉讼时效规定。确认合同无效请求权虽明为请求权，但实质为实体法上的形成权，因此，通说认为，其不适用诉讼时效的规定，而应适用除斥期间的规定。但由于合同无效制度涉及到国家利益和社会公共利益的保护问题，故我国合同法并未对确认合同无效请求权的除斥期间进行规定。返还财产请求权为不当得利请求权的，应适用诉讼时效的规定。赔偿损失请求权是因缔约过失责任而产生的债权请求权，故也应适用诉讼时效的规定。第二，适用诉讼时效规定的请求权，诉讼时效期间应从何时起算。该问题是目前理论界和司法实务界争论最大的问题，主要有三种争议观点：第一种观点认为，应从合同被确认无效之日起算。理由是：合同无效只能由法院或者仲裁机构确认，只有在判决或裁决确认合同无效之时才产生返还财产及赔偿损失请求权，权利人才知道或者应当知道其权利受到侵害，诉讼时效期间才起算。至于因合同无效而导致的权利人的不利益，可通过实体法的规定依公平原则进行解决，不应以诉讼时效起算点的提前起算来解决。第二种观点认为，应从履行期限届满之日开始起算。理由是：当事人基于合同有效而签订和履行合同，其对权利实现的合理预期为合同履行期限届满之日，故在合同履行期限届满后，当事人知道或者应当知道其权利受到侵害，而无论合同事后是否被确认无效。而且，合同无效产生的损失，多因合同当事人不履行合同义务产生，而非因合同被确认无效产生。第三种观点认为，上述两种观点均存在不足，前者会产生权利睡眠问题，后者则会带来无效合同按有效对待的无奈，应综合前两种规定作折衷规定，即：合同被确认无效，返还财产、赔偿损失请求权的诉讼时效期间从合同被确认无效之日起计算。但合同履行期限届满、当事人没有履行或者没有完全履行合同的，当事人以合同无效为由请求返还财产、赔偿损失的，诉讼时效期间从履行期限届满之日起计算。
笔者认为，无效合同应该不受诉讼时效的限制，且合同无效后的请求权应该从合同被确认无效时开始起算
考查无效合同是否受诉讼时效的限制，首先要对无效合同和诉讼时效的社会价值判断入手，从二者的价值考量中进行抉择。诉讼时效的社会价值，根据梁慧星先生的观点，主要有二点：第一稳定法律秩序，稳定社会经济秩序。第二促使权利人行使权利[而无效合同的价值主要是为了保护国家利益和社会公共利益，当无效合同的确认与诉讼时效的适用产生冲突时，要考量二者的价值孰轻孰重，显然诉讼时效制度的牺牲可能会产生权利睡眠、法律秩序及经济秩序处于不稳定之状态的弊端，但是无效合同如果因为诉讼时效的原因产生有效的法律效果，更会给国家及社会公共利益带来巨大危害，所以无效合同的认定实质上是对社会利益的确认和保护。
其次，从诉讼时效所适用的对象上看，无效合同的认定也不受诉讼时效的限制。诉讼时效仅仅适用于请求权，而合同无效的确认属于形成权，自然不适用诉讼时效制度。
无效合同确认权的行使不受诉讼时效的限制，那么因无效合同产生的返还请求权和赔偿请求权，受诉讼时效的限制大家观点一致，但是关于起算点问题，尚有争议。笔者认为起算点应该是无效合同被确认无效之日。那种把因无效合同产生的请求权的诉讼时效起算点定于合同履行期限届满之日是错误的。原因是，基于无效合同产生的请求权以合同无效为前提，在合同有效的情况下，就没有返还财产请求权存在的必要，因而合同无效和有效产生的法律后果是不一样的。只有合同被确认无效后，返还财产请求权和赔偿请求权才会存在，其诉讼时效也才会产生。否者在合同还没有确定是否有效的情况下，就开始计算返还财产请求权和赔偿请求权的诉讼时效，不符合基本的逻辑。
