第二种观点即转让合同有效说。支持这种观点的理由也有三个，其一源自国务院有关文件及最高法院的司法解释复函精神。1963年3月20日中共中央《关于对社员宅基地问题做一些补充规定的通知》第二项规定：“社员有买卖房屋的权力。房屋出卖后，宅基地的使用权即随之转移给房主，但宅基地所有权仍归集体所有。”这一规定明确了农民享有买卖房屋的权利。
房屋出卖后，宅基地的所有权仍归集体所有，但使用权随房屋所有权的转移而归受让方享有。最高人民法院(1992)民他字第8号复函中也明确规定，“农村房屋买卖应具备书面契约、中人证明等要件，要求办理过户手续的地方还应依法办理该项手续。”这一规定肯定了农村房屋买卖原则上不以所有权登记为生效要件，同时也间接的肯定了农村宅基地房屋是允许买卖的。
其二，《土地管理法》第62、63条的规定，从立法本意来分析，其禁止的仅是对宅基地使用权的单独转让，但在宅基地上的房屋所有权发生流转的情况下，该宅基地使用权的附随转让并不禁止。关于农民房屋可否转让的问题，从物权的角度来说也应该是被允许的。
所谓物权，是指公民、法人依法有的直接支配特定物并对抗第三人的财产权利。物权本质上是一种支配权，是权利人对物的直接支配，具有对抗第三人的效力。而所有权是完全物权，包含占有、适用、收益、处分四项权能，其中处分权是所有权的标志，也是核心权能。
既然农村房屋的所有权归属村民，那么村民对其房屋本应享有绝对的支配权，其中当然含转让权，若将该权利剥离，则很难谓之对房屋享有所有权了。《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地通知》中规定，农民的住宅不得向城市居民出售，该规定本身违背了《物权法》的立法精神，损害了所有权的权能。且该文件本身的效力在物权法之下，故应以物权法为准。
其三，认定合同无效，应当以《合同法》中规定的合同有效要件为标准，符合合同有效要件的合同则为有效。
《合同法》规定的合同有效要件主要包括四个方面：
3、合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定和社会的公序良俗。
4、形式上符合法律要求或者规定，有约定的还应当符合约定。
另外，国务院《关于加强土地转让管理严禁土地炒卖的通知》虽然规定农民的住宅不得向城市居民出售，但该通知在形式上既不是法律也不是行政法规，不能作为认定合同无效的根据。
再者，土地管理法等一些法律也都仅规定了宅基地禁止买卖的条款，并未禁止农村房屋的买卖，虽然宅基地和其上房屋紧密相关，但毕竟是两个不同的概念，面对该类纠纷，在法律适用上还应区别对待。
故此，在审判实践中，应结合个案实际来判定合同有效与否，不能一概而论，只要小产权房转让合同符合上述四项要求，就应当认定为合法有效，而非当然无效。
对合同的效力认定应适用合同法的规定，只要该类和同是双方的真实意思表示，不违反法律和行政法规，不存在《合同法》第四十四条、五十二条规定的无效情形，就对双方当事人具有法律约束力，当事人应当按照从维护交易秩序的稳定和安全的角度着眼，法院也应认定合同有效。
