首先，在庭前准备程序中，除进行证据交换和对证据初步质证工作外，通常需要进行司法鉴定工作。
一般有以下几种情况：对工程造价进行审核；对延误工期造成的损失进行审核；对已付工程款、垫付材料款等财务凭证进行审核；对相关有争议的签证、结算材料印鉴或签名真实性进行审核；对工程质量进行鉴定并设计修复方案以及对修复方案所需费用作出预算等。
在建设工程施工合同案件的审理过程中，司法鉴定几乎涵盖了所有的鉴定内容。因此在庭前准备阶段，对当事人是否在举证期限内提出鉴定申请、是否予以准许、当事人未提出申请是否需要证据释明等问题均需要认真审查，并根据实际情况作出处理。
在建设工程施工合同诉讼案件审理过程中，经常发生被告将反诉内容作为答辩意见提出，要求直接在本诉中抵扣的情况。针对这种情况，法官应当准确判断上述主张属于抗辩还是属于反诉，并根据个案情况分别作出释明。
在作这类型的判断中，势必对基础合同条款进行详细审查，而不能简单地进行判断。如在建设工程施工合同诉讼案件中，最常见的情形是，承包人向发包人主张工程欠款，而发包人以承包人逾期竣工或工程存在质量问题要求承包人承担违约赔偿责任。此类答辩意见，一般认为属于反诉请求。但有些施工合同条款中约定了上述违约责任应当在工程款结算中直接抵扣，或原告同意在本诉中根据双方合同的约定直接结算抵扣，对此类情形，法官也可以在本诉中一并处理，而不必要求被告提起反诉。
