1、公司决定设立分公司的，应按期办理登记手续，使其规范运作；决定不设立的，也应尽快终止设立活动，撤销相关文件，清退相关人员，决不能拖泥带水。因为在分公司设立过程中所产生的相关债权债务要由做为“发起人”的本公司来承担责任。一般来说设立分公司的，应当自决定作出或有关部门批准之日起30天内向公司(企业)登记机关申请登记。
2、分公司负责人的选聘。分公司负责人可以说是分公司的核心部分，其对分公司的整个经营运作起到很关键的作用，其个人的行为往往就是代表分公司的行为。所以在确定人选时要非常谨慎。对不熟悉的人，在任命之前，一定要对其个人资信作一个全面的调查了解。特别在有挂靠、承包性质的分公司中，对主动上门寻求合作者，更不能只听其片面之词，而应对事对人都进行详细调查，必要时也可要求其提供一定的担保，明确双方之间的权利义务，以防上当受骗。
3、规范分公司会计财务制度。由分公司会计人员做帐，本公司财务部做汇总与财务分析。依照规定，本公司应直接负责对分公司员工的招聘，所以，要用好人事权，对于像会计等关键的职员，应由本公司统一指派或招聘、管理，使其能独立于分公司负责人，以免在财务上发生问题，损及公司利益。像震撼股市的郑百文公司倒闭事件，倒闭的原因之一即为分公司的财务制度不健全，呈现在帐面上的逾期帐款如同天文数字一般。
4、明确本公司对分公司的指挥流程与分公司向本公司的报告流程。虽说分公司是在本公司之外的区域相对独立的经营，但其作为本公司经营的一种延伸，其民事责任仍由本公司承担，所以双方不应各自为政，而应建立密切的联络机制，使本公司能对分公司进行有效的操纵，例如可规定对分公司大笔额的借贷等资金流动，明确应由本公司批复认可，否则由相应的人员承担不利后果。
