第一、股东大会对董事会的制衡缺陷：
1.股东大会是非常设机关，其对董事会的制衡只能通过会议的形式进行。我国《公司法》规定了股东大会的两种形式，即股东年会和临时股东会。按照公司法规定，股东年会每年只召开一次，而临时股东大会的召开又有种种限制，即(一)董事人数不足本法规定的人数或者公司章程所定人数三分之二时;(二)公司未弥补的亏损达股本总额三分之一时;(三)持有公司股份百分之十以上的股东请求时;(四)董事会认为必要时;(五)监事会提议召开时。再有，依现行《公司法》的规定，股东大会的召集权专属于董事会。如果董事会成员基于某种考虑而不召开，那么，股东大会对董事会的制衡岂不成为空谈。
2.股东出席股东大会实行一股一票制，按表决权多数决议事项。由于《公司法》对大股东的表决权未做任何限制，因而这种看似民主与平等的表决制度在实践中使小股东不能对股东大全决议发挥影响和作用。这样，股东大会变成了持股量多的大股东操纵把持公司事务的工具，由“大股东大会”选举产生的董事会实际就是大股东利益的代表，董事会对股东大会负责变成了对大股东负责，股东大会对董事会的制衡就变成大股东自己对自己的“制衡”，违背立法的初衷。
第二、《公司法》对董事长和经理的权力配置失衡，董事长兼任经理的情况随处可见。因此，董事会对经理的监督制衡也成为空谈。
董事长是公司的法定代表人，但公司对他的职权仅规定了三项，而对董事会聘任的经理职权规定多达八项。为解决二者的交叉和公司权力分配失衡的缺陷，相当一部份公司采取了董事长兼任经理的做法。然而这种做法显然混淆了两者在任职程序上的不同和地位上的差别，董事会也难以实现对由董事长兼任的经理的监督制衡。
第三、《公司法》没有专门规定股东大会对监事会的监督，现实中大量公司监事会怠于行使职权。在缺乏外力约束的情况下，监事会可以“少监事”甚至“不监事”，体现不出专司公司监督职能的性质。
第四、对监事会的组成规定不合理及对监事会监察权的行使规定不够完善，致使公司的专职监督机构对董事会的制衡形同虚设，监事会制度在公司经营管理中发挥不了应有作用，弊端日现。主要体现在以下几个方面：
《公司法》第52条和第124条规定监事会由股东代表和适当比例的公司职工代表组成。关于股东代表，由于中小股东在公司营运管理中的低影响力，他们往往对所投资公司的经营状况漠不关心，相反对证券交易所的电子显示屏格外感兴趣，他们自然不会作为股东代表出任公司监事。剩下的少数大股东便理所当然地成为公司监事。在这种情形下，要由代表大股东利益的监事会监督制衡同样代表大股东利益的董事、经理，其效果与结果可想而知。再有公司职工代表，公司职工是公司董事、经理雇用管理的对象，要受其管理，要靠其发工资，这种天然的上、下级关系使作为职工代表身份的监事只能作为一种点缀，对公司经营管理的监督制约，仅限于书面文字。
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