但是究其公司僵局形成的本质原因，还是因为公司的制度问题，现行的公司法有效的保护了公司股东权益和公司自身利益，但是也给公司的运营带来了一定风险，而这些风险正是导致公司僵局发生并持续的根本原因。
我国现行公司法的制度安排和公司组织机构的封闭性是产生公司僵局的温床。导致公司僵局产生的制度原因主要表现在：
一是公司经营决策民主制度。根据公司法规定，公司的重大决策事项要获得股东会过半数表决权通过，特别重大的事项，如修改公司章程、增减公司注册资本等必须获得股东会表决权三分之二以上通过才能实施，而一般的经营决策事项则需交由董事会进行表决，获得董事会过半同意方可实施。
如果股东或董事之间发生了激烈了矛盾和冲突，并采取完全对抗的态度，那么任何一方可能都无法形成这种过半数或者三分之二的表决多数，决议的通过变得近乎不可能，于是形成了公司僵局。可以说，正是这种经营决策民主制度为公司僵局的产生提供了制度土壤。
二是有限责任公司的组织结构制度，基于有限责任公司具有很强的人合性的特征，公司法对有限责任公司股权转让进行了较为严格的限制。
根据我国公司法第七十二条的规定，“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。”
该款条文从表面上来看，为有限责任公司股权转让提供了两种途径，一种是自由向公司其他股东转让，一种是征得公司其他股东同意的情况下，向公司股东以外的人转让，但是由于有限责任公司具有很强的人合性的特征，其设立以股东相互之间的信任为基础的。再加上有限责任公司的股权转让缺乏一个像股份有限公司股票转让那样的公开的市场，其转让难度无形中大幅度增加。
所以在实践中，大多数情况下，公司股东以外的其他人，并不愿意通过受让股权的形式加入公司。于是大多数情况下，股东的股权转让大多数只能通过内部转让的形式得到实现。而在公司处于僵局时，这种内部转让的途径也就被阻断了。这就直接导致了公司僵局不能通过对外转让股权、退出公司而获得解决，从而使得公司僵局处于一种持续状态。
