成交价确定后，兼并双方的所有者应当签订兼并协议。全民所有制企业被兼并的，由各级国有资产管理部门负责审核批准。尚未建立国有资产管理部门的地方，由财政部门会同企业主管部门报同级政府作出决定。为了使兼并工作顺利进行，应当征求被兼并方企业职工的意见，并做好职工的思想工作。职工不同意兼并，不影响兼并协议的效力。集体所有制企业被兼并的，应当由职工代表大会讨论通过，报主管部门备案。集体所有制企业被兼并未经职工代表大会通过的，兼并协议不生效。因未获通过导致兼并协议无效的，按照合同法有关缔约过失责任的规定处理，兼并企业也可以就其所受的损失主张赔偿。
已经实行承包或者租赁制的企业，在确定其被兼并时，应当按照有关规定办理中止合同的手续。在没有办理中止合同手续之前，企业不得兼并。
企业实施兼并的，按照有关法律、法规的规定，兼并方应当一次性支付价款;一次性支付价款确有困难的，经过双方协商，并经依照有关规定批准国有企业改制和转让国有产权的单位批准，可以分期支付价款。分期支付价款的，首期付款额不得低于价款的30%，其余价款应当由受让方提供合法的担保，并在首期付款之日起一年内支付完毕。未付价款部分参照银行贷款利率由购买者向出售方支付利息。转让国有产权的价款优先用于支付解除劳动合同职工的经济补偿金和移交社会保障机构管理职工的社会保险费，以及偿还拖欠职工的债务和企业欠缴的社会保险费，剩余价款按照有关规定处理。
在改制过程中，必须要征得债权金融机构的同意，保全金融债权，依法落实金融债务，国有企业才能改制。金融债务未落实的企业，不得进行改制。
企业兼并协议自当事人签字盖章之日起生效。需要经政府主管部门批准的，兼并协议自批准之日起生效;未经批准的，企业兼并协议不生效。但是依照合同法及其有关司法解释的规定，当事人在一审法庭辩论终结前补办报批手续的，兼并协议有效。
6、办理产权转让的清算手续和法律手续。
被兼并方企业产权转让的收入，归该企业的产权所有者。如果被兼并方企业是全民所有制，其净收入除国家另有规定外，由国有资产管理部门解缴国库。如果被兼并企业属于集体所有制，其净收入按照产权归属分别归不同的所有者。
企业被兼并后，应当按照法律、法规的规定办理产权变动登记(包括被兼并企业向国有资产管理部门办理产权变动或者注销登记)和税务变更登记;土地管理部门同时为兼并企业办理土地使用权权属证书，如果被兼并企业的用地属于国有划拨的土地，兼并企业还应当按照房地产法的规定与县级以上人民政府重新签订国有土地使用权出让合同。
企业被兼并后，如果属于企业合并的，合并企业应当及时办理被兼并企业的法人注销登记，没有办理注销登记，协议已经履行的，不影响兼并协议的效力和兼并企业对被兼并企业债权债务的承担。属于控股式兼并的，新设企业应当办理法人变更登记。
7、权利义务的承担和职工的安置。
对于合并式兼并，兼并企业应当承继被兼并企业的债权和债务。
对于控股式兼并，由于被兼并企业仍然法人主体资格并未消灭，因此，被控股企业的债务，仍由被兼并企业承担。当然，如果控股企业抽逃资金、逃避债务，致使被控股企业无力偿还债务的除外。被兼并方的职工原则上由兼并企业接收。
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