1.操作方案切实可行。方案是合并重组的路线图，所以在制度设计上要有前瞻性和创新性;在实施方法上要有可操作性;在工作分工上要有均衡性，地方政府、监管当局、城市商业银行各在其位、各尽其责、各显其能;在时间安排上要有紧凑性，方案一旦确定下来，必须严格遵照执行，不能出现停顿、阻滞。同时，城市商业银行合并重组要根据银监会《城市商业银行监管与发展纲要》的精神进行，重组的每一步工作都报监管当局审查和认可，确保重组政策与监管规定相一致、重组步骤与监管措施相衔接、重组手段与监管要求相协调。
2.统筹兼顾各方利益。城市商业银行合并重组涉及到股东、地方政府以及董事会和高管层的利益。如何平衡各方利益，直接影响到各行参与、支持合并重组的积极性和动力。股东主要关心原有股本是否缩水;董事会和高管层主要关心经营管理权是否被削弱;地方政府主要关心对当地的贷款投入、税收是否缩减以及人事权是否缩小。所以在重组中要充分兼顾各方的利益。按照统一的标准进行资产评估，处置、消化历史包袱，使原有股权价值都有所提升，股东对此感到满意。按照“一级法人、分级核算、单独考核、绩效挂钩、科学授权、兼顾地方”的原则，实现各城市商业银行权责利对等，原有董事长和高级管理层都得到留任、重任或提任，打消顾虑。对参与重组的各城市商业银行所吸收的资金，在统一管理的基础上，充分用于当地经济建设;在符合条件的前提下，在信贷安排上，考虑优先支持城市商业银行所在城市的经济发展;在税收方面，按照保证基数、增量分成的原则，确保城市商业银行分支机构对当地财政的贡献度有增无减。
3.抓住时机处置包袱。许多城市商业银行和城市信用社背有沉重的历史包袱，长期挂在账上，致使这些行社的净资产不足，暂时达不到合并重组的监管标准。监管当局和重组工作组要抓住合并的机会，在不降低准入标准的前提下，通过与有关市政府充分协商，确定“谁组建、谁负责、谁弥补”的原则。市政府通过收购剥离不良资产、以优质资产置换不良资产、直接注资补亏等形式，处置城市商业银行积累多年的风险，使这些机构以较为“健康的躯体”加入合并后的银行。
4.地方政府引导而不干预。地方政府作为大股东和地方管理当局，在城市商业银行合并重组中的引导和推动作用是必不可少的。但是，在借助地方政府推动力的同时，也必须注意避免行政干预的负面影响，确保合并重组按照市场化原则进行。地方政府的干预一般有三种表现：实施行政命令，搞强行合并;插手人事安排，干扰建立先进的公司治理结构;对重组后的城市商业银行开出更大的贷款“账单”，进行“点贷”、“诱贷”，造成信贷资金的过度集中。因此，在城市商业银行合并重组中，地方政府要充分尊重参与各方意愿，只做协调工作，不搞强迫命令;充分尊重股东大会、董事会对有关人员的选举和聘任结果;充分尊重监管当局依法审查任职资格的职责。
5.重点坚持五项基本原则。城市商业银行进行区域性重组与联合是一个巨大的系统工程，需遵循法律、制度、程序设计的基本原则：一是“五先五后”的原则，即先浅层次后高层次，先松散型后紧密型，先单个项目后全面合作，先少数几家后多数几家，先效益好的后效益差的。二是坚持商业化、市场化原则。在联合过程中，鼓励一部分发展较好的银行到异地控股其他城市商业银行，控股辖内各行时，以自愿为原则，绝不搞行政命令。三是坚持公平合理的原则。目前，各城市商业银行发展参差不齐，这就要求制订规则、分配责权利时一视同仁，避免在区域分布、效益好坏上做文章，搞歧视。四是坚持循序渐进的原则。遵循“成熟一个，发展一个;成熟一批，发展一批”的思路，稳步推进城市商业银行的联合与合作，分期分批、逐步推进，不搞“一刀切”。将自愿申请加入城市商业银行联合体的进行分类排队，完全符合准入条件的，可先期进入，初步实现“强强联手、靓女先嫁”;不完全符合准入条件的，可作为重点关注对象，待时机成熟允许进入;完全不符合市场准入条件的，可尝试在一些条件成熟的领域建立业务联合，并对其在人员培训、市场营销等方面进行必要的指导，尽快争取其进入。五是实行强强联合，强弱重组的原则。先对经济效益好的城市商业银行进行联合，对资产质量较差者，要按照市场退出的思路对其进行重组，避免将包袱带到新的银行。要在效益、资本金、不良贷款等方面制定严格的市场准入标准，设置必要的“门槛”，进行必要的限制，通过业务的配合，逐步过渡到以资本为纽带的联合与合作。
