在实践中，由于银行并购存在着过高的并购失败率，使得理论界把注意力大量集中在银行并购的动机上。理论界通过对美国等许多国家大量银行并购案例的实证分析后发现，追求市场控制力、增加利润、增加股东价值、增加销售额、取得规模经济效益、降低成本、提高竞争力、分散风险、应对市场失效等经营目标的经济动机，仍然是银行并购的主要动因。
(一)第一次全球银行并购浪潮与银行并购动因理论发展。第一次全球银行并购浪潮出现在19世纪末20世纪初，始发英国，逐渐扩散到欧洲大陆、美国、日本等国。在这次全球银行并购浪潮中，主要发生的是以减少同业间竞争程度为目的的横向兼并。随着发达国家银行资本与金融资本的融合，许多银行通过并购占据了很大的市场份额。基于这一并购阶段的并购理论主要是规模经济理论，目标是达到并购双方银行经营上的协同。但也有经济学家持反对意见，认为兼并不能实现规模经济，只会导致行业内的“过度集中”，导致垄断利润。这种观点认为，如果只有少数几家银行占有大部分的银行市场份额，这些银行将趋向“合谋”。结果银行的价格和利润将含有垄断因素。除了规模经济的解释之外，经济学家们还做出了这样的解释，主要观点是银行横向联合，将银行业中处于不同发展阶段的银行联合在一起可能会获得不同水平间的更有效的经营协同。银行通过并购，可以使其拥有的专属管理能力向被并购银行溢出，从而使并购双方银行的管理水平都得到提高，实现双方银行管理间的协同。
(二)第二次全球银行并购浪潮与银行并购动因理论发展。第二次全球银行并购浪潮始于20世纪五十年代中期，在八十年代达到高潮。各国银行业务综合化趋势随之明显提高，银行业务范围不断扩大。在这一浪潮的前期，对银行并购的理论解释主要有多样化经营、财务协同效应以及管理学角度出发的诸多理论。多样化经营以风险化解为立足点，认为管理者和其他雇员为了保持组织资本和声誉资本以及在财务和税收方面的优势，可能会寻求多样化经营。多样化经营可以通过内部发展实现，也可以通过兼并活动实现。在特定情况下，通过兼并达到多样化经营要优于内部发展途径。财务协同效应主要来自较低成本的内部融资和外部融资。有大量内部现金流和少量投资机会的银行拥有超额现金流;有较低内部现金流和大量投资机会的银行需要进行额外的融资，这两个银行的合并可能会得到较低的内部资金成本优势。另外，基于管理学理论的不断完善，这一时期也出现了从管理学角度来解释银行并购的诸多理论。这种理论认为，管理者往往采用较低的投资收益率，通过并购来扩大自己的声誉，反映了管理者与公司股东间出现的代理问题。
在这一浪潮的后期，对银行并购活动的理论解释主要有q值理论和自由现金流假说。q值理论主要阐明了在不考虑资本利得税的条件下，当包括银行在内的企业的证券市场价值低于其重置资本成本时，并购将更可能发生。自由现金流假说认为，包括银行在内的企业要使效率及股价最大化，自由现金流就必须支付给股东，但是公司的管理层往往没有积极性向股东支付这些剩余现金流，这时只有为公司寻找到更多的投资机会，以降低管理者所控制的资源数量，从而削弱他们的权力;同时，当为额外的投资寻求新资本而进行融资时，管理层也会受到来自外部资本市场的监督，使其行为决策更符合债权人或股东的利益。因而，并购成为解决公司股东与管理者之间利益冲突的一种有效工具。
(三)第三次全球银行并购浪潮与银行并购动因理论发展。第三次全球银行并购浪潮与20世纪九十年代以来的第五次全球企业并购浪潮同步进行，持续至今。金融全球化和信息技术革命导致全球银行业竞争的加剧，竞争的加剧又迫使世界各国普遍放松监管政策，这就给银行并购创造了较有利的银行内部压力和外部环境。跨国银行在这一次并购浪潮中成为领导力量。这一时期对并购动因的理论解释主要有并购的外部冲击理论。该理论阐述了包括银行在内的企业并购的发生是由于外部因素，如技术革命、全球化、政府监管的放松等变动而引起的。
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