公司的清算主体在一般情况下为公司股东，《公司法》第一百八十四条对此有明确的规定，该条规定有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。因此，对有限责任公司而言，全体股东都有在公司终止后清理公司债权债务的责任，全体股东都是清算主体；对股份有限公司而言，全体股东都是清算主体显然不现实，清算主体被确定为董事或者股东大会确定的人员（一般情况下，董事本身就是股东，股东大会一般也会在股东之中确定清算人选），在实践中，股份有限公司的清算一般由董事会承担，董事会也由公司的主要股东组成的。
除公司股东之外，依据我国企业法及有关法律、法规的规定，公司的清算主体还包括公司的上级主管单位、开办单位、投资人等。比如国有独资公司，投资主体是国家，国家是唯一股东，上级主管部门代表国家管理国有公司，公司终止后，其上级主管部门必将作为清算主体。又如集体性质的公司，投资者是集体组织，我国通常称之为开办者，这类公司被吊销后，开办单位是清算主体。再如一人有限责任公司，投资人为一人，清算主体必然为该投资人。
《中华人民共和国企业法人登记管理条例》第三十三条规定“企业法人被吊销营业执照，登记机关应当收缴其公章，并将其注销登记情况告知其开户银行，其债权由主管部门或清算组织负责清理”。该条也确定了主管部门的清算责任。需要注意的是，该条的制定有其特定的历史背景。在90年代上半期，国企或集体企业要获得登记必须确定一个主管单位或部门，由其对公司进行业务指导。随着国家政策的变化，现公司的注册已无此要求。一般而言，公司被吊销营业执照后，主要还是由公司自行组成清算组进行清算，当公司股东拒不组织清算且法院未指定清算组时，上级主管部门才负责组织清算，成为清算主体。
清算主体的明确，对于法院确定公司在被吊销营业执照后至注销登记前的诉讼当事人有着重要意义。根据最高人民法院的司法解释及有关司法实践，在公司解散后，如果依法成立了清算组织的，应当以公司或清算组织为诉讼当事人；如果没有成立清算组织的，应当以清算责任人为诉讼当事人。
