在事业单位转制、改制过程中，坚持公有资产保值增值是一项基本原则。事业单位自身的资产产权界定、资产评估本身就是一个十分敏感而又引人关注的问题，特别是有些事业单位由于历史的原因，拥有的资产数额十分庞大，这个问题就更加突出。因此如何保证清产核资工作的顺利进行，防止某些人利用改制、转制之机，以各种非法手段侵吞公有资产，是摆在各级领导面前的一个必须认真对待的问题。我们认为，只有加强法律监督和控制，才能有效的保证清产核资工作的正常开展。
第一、改制单位的上级主管部门应加强对清产核资工作的指导和监督，在改制单位申请资产评估立项后，由主管部门委托具有资质的中介机构对改制单位进行资产评估。
第二、对涉及到改制单位产权界定、产权交易、资产处置方案的制订、改制单位的股权结构设置、资产转让等行为，应由律师出具法律意见书，确保整个改制、转制流程的合法性。
第三、加强民主监督，资产的评估结果、处置方案等须交由职工大会审议。
第四、对发生在转制过程中的违法犯罪行为必须依法处理。对于在转制、改制过程中隐匿资产的行为，一经发现，就要依法追究当事人法律责任。对于中介机构在承办业务时，同改制单位串通作弊、弄虚作假或隐瞒不报，出现重大疏漏、严重误导等导致国有资产重大流失、侵害其他产权主体合法权益的，也应依法追究责任。
二、改制方案的制定要坚持“三公”原则和职工民主管理
同国有企业改制一样，事业单位在改制过程中涉及的改制、转制方案的制订实施应坚持公开、公平、公正的原则，必须事先将改制方案提交职工(代表)大会审议通过。这既是在政治上保证职工群众的主人翁地位，调动广大职工的积极性和创造性，也是在制度上落实职工群众参与民主管理、民主监督。如果这项工作做得不好，往往会影响改制的正常进行，甚至还会给社会带来不稳定的因素。
第一、应做好单位职工的思想工作，让职工群众真正理解改制的内涵，使他们主动参予到改制过程中来，保证改制工作的顺利进行。
第二、应依法召开职工(代表)大会，对于清产核资的结果、改制方案等交由职工大会做成规范的决议。
第三、在改制过程中切实注意保护职工的合法权益，对涉及职工切身利益的决定应交由工会和职工大会讨论并形成决议。
三、根据单位不同情况决定企业形式
由于事业单位具有分布较广、类型复杂等特点，在转制、改制过程中不能就改制单位的形态进行“一刀切”，而是要根据各个单位的不同特点来决定其改制的形式;从改制单位的股权设置角度来说，也不能片面强调国有资本全部退出，而要根据各单位的不同情况，在鼓励经营者持大股的前提下，有选择的保留部分国有股份。
根据大多数事业单位的实际情况，按照现代企业制度的要求，改制为有限责任公司是一种常见的做法。有限责任公司具有注册资本要求较低、设立程序简单、出资方式灵活、治理结构设置灵活、改制成本低等特点，比较适合于那些参股人数较少、企业资产不是很多的企业。改制成有限责任公司可以从产权制度改革上一步到位，有利于企业的经营层、主要经营者和业务骨干持大股。
股份合作制企业是我国由计划经济向市场经济转轨过程中发展出来的、独具中国特色的企业组织形式。这种组织形式在历史上具有积极的意义，但总的来说，仍然是向现代企业制度过渡的一种中间形态。随着社会主义市场经济的发展和企业规模的壮大，目前许多股份合作制企业正走向规范的股份制。因此，我们认为，除了对那些职工入股愿望强烈、人数较多的单位外，一般不宜再采用这类组织形式。
对于那些资产规模大、经济效益好的单位，股份有限公司则是最佳的选择。在设立股份有限公司时，我们认为有必要保留部分国有股份，同时也应积极吸收社会上的各种投资基金的介入。这样，既能有效地保证国有资产的保值和增值，也能更深地加强企业同资本市场的联系，使企业具有更强的生命力。
四、建立完善的企业治理结构
此次事业单位改制的总体目标是建立真正自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的独立的企业法人实体，那么在改制过程中就应该按照现代企业制度的要求来完善企业的治理结构，保证企业未来的正常运转。
在现代企业制度中，股东会、董事会、监事会、经理层各司其职、各行其权。然而，我国的国有企业中普通存在的严重“内部人控制”、国有股权代表人缺位、董事会与监事会监督功能弱化等问题，往往容易导致国有资产的流失。因此本次事业单位改制，在改制企业的公司治理结构的设置上应注意以下几点：
第一、依法建立完善的股东会、董事会、监事会，制订具有明确可操作性的企业章程和议事规则。这首先从制度上构成了公司治理结构得以顺利运行的保证。
第二、在企业内实行决策层和执行层的分离。一般来说，应尽量做到企业董事长、总经理分设，限制董事会中的经营人员人数，防止形成“内部人控制”的现象。
第三、完善对企业经营者的监督机制。企业的董事会成员中应包含一定数量的独立董事，以外部监事为监事会的主要组成成员，依法加强董事会和监事会对经营层的监督。
五、建立新型内部用人制度
事业单位原有的人事制度并不适合于企业，因此市政府21号文中提出了要切实创新内部用人用工、收入分配机制。
所有单位与职工都要按照国家有关法律、法规的规定，在平等自愿、协商一致的基础上，通过签订劳动合同，明确单位和个人的人事关系和权利义务关系，实现事业单位人事管理由身份管理向岗位管理转变，由单纯行政管理向法制管理转变。实行岗位管理制度、按岗聘用、竞争上岗，突破原有的事业单位国家干部身份制、等级工资制等等。
要建立形式多样、自主灵活的分配激励机制也是此次改革的重要内容。对于企业经营者，要将短期激励报酬同长期激励报酬相结合，可以采取年薪制或股票期权等方式;对于职工，除实行岗绩工资制度外，在条件具备的情况下还可以实行职工持股制度，充分调动职工的积极性。
